Výběr vhodných INDEL polymorfismů na X chromosomu pro detekci fetální frakce volné cirkulující DNA u těhotenství s plodem ženského pohlaví

• Název práce v češtině: Výběr vhodných INDEL polymorfismů na X chromosomu pro detekci fetální frakce volné cirkulující DNA u těhotenství s plodem ženského pohlaví
• Název v anglickém jazyce: Selection of appropriate INDEL polymorphisms on the X chromosome to detect the fetal fraction of free circulating DNA during pregnancy with female fetuses
• Akademický rok vypsání: 2016/2017
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Marie Korabečná, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 21.11.2016
• Datum zadání: 21.11.2016
• Datum odevzdání elektronické podoby: 13.08.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 11.09.2018
• Oponenti: Mgr. Halina Šimková

Předběžná náplň práce

Analýza fetální DNA volně cirkulující v plazmě těhotných se v posledních letech stala důležitou součástí prenatální diagnostiky. Metody založené na kvantitativním PCR se rutinně používají například k určení RhD inkompatibility matky a plodu v případě RhD negativních těhotných. Zjištění přítomnosti Y- chromosomálních sekvencí v plazmě těhotné vede k rychlému neinvazivnímu určení pohlaví plodu v rodinách s X- vázanými recesivními chorobami a zároveň k určení velikosti fetální frakce cirkulující DNA v mateřské plazmě. Tento údaj je důležitý také s ohledem na možné aplikace metod Next Generation Sequencing pro neinvazivní prenatální diagnostiku. Tyto metody umožňující neinvazivní skríning aneuploidí plodu nelze aplikovat, je-li fetální frakce příliš malá (nejčastěji dle dodavatele testů pod 4%).
V diplomové práci budou na základě studia databází vybrány X chromosomální polymorfismy typu INDEL s vhodnou frekvencí alel tak, aby toto vyšetření umožnilo určení přítomnosti paternálního X chromosomu ve frakci fetální cirkulující DNA a tak umožnilo potvrzení ženského pohlaví plodu a rychlé určení velikosti fetální frakce cirkulující DNA. Bude zavedeno molekulárně genetické vyšetření těchto polymorfidmů (např. metodou Digital Droplet PCR) a provedena populační studie ověřující využitelnost navržených polymorfismů s ohledem na účely neinvazivní prenatální diagnostiky.