Studium exprese mutantních alel a stavu X inaktivace ve vztahu ke klinickým projevům vybraných monogenních X vázaných onemocnění

• Název práce v češtině: Studium exprese mutantních alel a stavu X inaktivace ve vztahu ke klinickým projevům vybraných monogenních X vázaných onemocnění
• Název v anglickém jazyce: Gene expression of mutant alleles and X inactivation pattern in patients with selected X-linked disorders
• Klíčová slova: Inaktivace chromozomu X, Fabryho choroba, X-vázaná agamaglobulinémie, methyl-senzitivní restrikční analýza, masivně paralelní sekvenování
• Klíčová slova anglicky: Chromosome X inactivation, Fabry disease, X-linked agammaglobulinemia, methylation-sensitive restriction analysis, massive parallel sequencing
• Akademický rok vypsání: 2016/2017
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Lenka Dvořáková, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 14.11.2016
• Datum zadání: 14.11.2016
• Datum odevzdání elektronické podoby: 20.12.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 04.02.2019
• Oponenti: prof. Ing. Zdeněk Sedláček, DrSc.

Předběžná náplň práce

Cílem této práce je zjistit, zda výsledky stanovení X inaktivace korelují s tíží postižení pacientek s Fabryho chorobou a X-vázanou agamaglobulinémií. K tomuto účelu je důležité zjistit, jak spolehlivé jsou nepřímé sondy (analýza transkriptu na dvou polymorfních lokusech a MSRA) a jaký má přínos přímá analýza transkriptu.
Mezi dílčí cíle této práce patří:
· analyzovat transkript v místě heterozygotní mutace genu GLA pomocí masivně paralelního sekvenování,
· analyzovat transkript v místech vysoce polymorfních SNP genů IDS (c.438C>T) a LAMP2 (c.156A>T) pomocí masivně paralelního sekvenování,
· identifikovat mutované alely z výsledků nepřímé analýzy transkriptu porovnáním s výsledky přímé analýzy,
· provést vyšetření stavu XCI pomocí methyl-senzitivních restrikčních metod v lokusech AR, RP2 a CNKSR2,
· identifikovat mutované alely z výsledků MSRA porovnáním s alelami probandů,
· zhodnotit zaměnitelnost použitých sond pro stanovení XCI,
zhodnotit souvislost fenotypových příznaků studovaných X vázaných onemocnění s nevyváženým stavem XCI a použití získaných dat jako vhodných biomarkerů pro vysvětlení fenotypových projevů a predikce dalšího vývoje studovaných onemocnění.