Laboratoř se zabývá strukturně-funkční charakterizací lidské glutamát karboxypeptidasy II (GCPII). Jedním z cílů našeho výzkumu je vývoj nových nízkomolekulárních inhibitorů GCPII s využitím proteinové krystalografie a rentgenostrukturní anlýzy. Takové inhibitory mohou být následně využity ke značení nádorů prostaty, jakož i k potencionální léčbě neurologických onemocnění. Projekt využívá úzkou spolupráci se zahraničními laboratořemi medicinální chemie (Johns Hopkins University; Washington State University). Při práci projektu si student osvojí metody klonování, heterologní exprese a purifikace GCPII, následně pak krystalizaci komplexů GCPII/inhibitor, měření difrakčních dat (laboratorní zdroj rentgenového záření nebo synchrotron BESSY v Berlíně) a jejich zpracování a řešení, refinement a analýzu krystalových struktur. Toto téma je vhodné pro vypracování jak bakalářské, tak magisterské práce. Bližší informace na cyril.barinka@ibt.cas.cz; tel. 325-873-777
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
This project encompasses cloning and heterologous expression and purification of human glutamate carboxypeptidase II (GCPII). Further steps include inhibition studies, GCPII co-crystallization with small-molecule inhibitors, diffraction data collection and determination, refinement and analysis of crystal structures that could be in turn used for the design of the next generation compounds.
