Structural characterization of interaction between transcription factors and DNA

• Název práce v češtině: Strukturní charakterizace interakce transkripčních faktorů s DNA
• Název v anglickém jazyce: Structural characterization of interaction between transcription factors and DNA
• Klíčová slova: DNA vázající proteiny, chemické sítění, vodík-deuteriová výměna, proteasy, hmotnostní spektrometrie, nízkoafinní vazebné motivy, transkripční faktory
• Klíčová slova anglicky: DNA binding proteins, chemical cross-linking, hydrogen-deuterium exchange, proteases, mass spectrometry, low affinity binding sites, transcription factors
• Akademický rok vypsání: 2016/2017
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 13.10.2016
• Datum zadání: 13.10.2016
• Datum odevzdání elektronické podoby: 23.02.2021
• Datum proběhlé obhajoby: 16.06.2021
• Oponenti: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Konzultanti: RNDr. Petr Man, Ph.D.

Předběžná náplň práce

V rámci disertační práce bude studována strukturní podstata interakcí vybraných proteinů s DNA nebo dalšími proteiny. K tomu budou využity techniky hmotnostní spektrometrie jako je chemické sítění nebo vodík/deuteriová výměna či oxidativní značení. Zaměříme se zejména na studium interakce transkripčních faktorů s DNA a na možnosti blokování jejich vazby pomocí vysoce afinitních vazebných proteinů.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The dissertation thesis will be focused on characterization of the structural basis of interactions amongst selected proteins and nucleic acids. For this purpose, structural mass spectrometry techniques such as hydrogen/deuterium exchange, chemical cross-linking or oxidative labelling will be used. We will concentrate mainly on the study of interactions between transcription factors and DNA and the possibilities of blocking their binding by high affinity binding proteins.