Nové fluorescenční nukleotidy pro metabolické značení
| Název práce v češtině: | Nové fluorescenční nukleotidy pro metabolické značení |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Novel fluorescent nucleotides for metabolic labelling |
| Klíčová slova: | fluorescenční značení, DNA, nukleotidy |
| Klíčová slova anglicky: | fluorescent labelling, DNA, nucleotides |
| Akademický rok vypsání: | 2015/2016 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra organické chemie (31-270) |
| Vedoucí / školitel: | prof. Ing. Michal Hocek, CSc., DSc. |
| Řešitel: |
| Předběžná náplň práce |
| Budou připravovány nové nukleotidy, nukleosid trifosfáty a jejich lipofilní maskované profarmaka nesoucí různé fluorescenční značky, které mění vlastnosti v závislosti na okolí. Bude studována jejich enzymová inkorporace do DNA nebo RNA a budou připravovány oligonukleotidové sondy pro detekci interakcí s biomolekulami. U lipofilních profarmak bude studována jejich penetrace do buněk a budou využity pro metabolické značení genomové DNA. Klíčové citace: Dziuba, D.; Pohl, R.; Hocek, M. "Polymerase synthesis of DNA labelled with benzylidene cyanoacetamide-based fluorescent molecular rotors: fluorescent light-up probes for DNA-binding proteins" Chem. Commun. 2015, 51, 4880-4882.Dziuba, D.; Jurkiewicz, P.; Cebecauer, M.; Hof, M.; Hocek, M. "A Rotational Bodipy-Nucleotide: An Environment-Sensitive Fluorescence-Lifetime Probe for DNA Interactions and Applications in Live-Cell Microscopy" Angew. Chem. Int, Ed.in press. DOI: 10.1002/anie.201507922 |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Novel nucleotides, nucleoside triphosphates and their lipophilic masked prodrugs bearing different environment-sensitive fluorescent labels will be designed and synthesized. Their enzymatic incorporations to DNA or RNA will be studied and they will be used in the construction of oligonucleotide probes for detection of interactions with biomolecules. The lipophilic prodrugs will be used in the study of their penetration to cells and applied in metabolic labelling of genomic DNA. Leading references: Dziuba, D.; Pohl, R.; Hocek, M. "Polymerase synthesis of DNA labelled with benzylidene cyanoacetamide-based fluorescent molecular rotors: fluorescent light-up probes for DNA-binding proteins" Chem. Commun. 2015, 51, 4880-4882.Dziuba, D.; Jurkiewicz, P.; Cebecauer, M.; Hof, M.; Hocek, M. "A Rotational Bodipy-Nucleotide: An Environment-Sensitive Fluorescence-Lifetime Probe for DNA Interactions and Applications in Live-Cell Microscopy" Angew. Chem. Int, Ed.in press. DOI: 10.1002/anie.201507922 |