Vliv fixačních činidel na kvalitu a kvantitu nukleových kyselin v archivovaných vzorcích tkání

• Název práce v češtině: Vliv fixačních činidel na kvalitu a kvantitu nukleových kyselin v archivovaných vzorcích tkání
• Název v anglickém jazyce: The effect of fixatives on DNA quality and quantity in archival tissue specimen
• Klíčová slova: FFPE, formaldehyd, kvalita, DNA, fixace
• Klíčová slova anglicky: FFPE, formaldehyde, quality, DNA, fixation
• Akademický rok vypsání: 2015/2016
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Daniel Vaněk, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 03.03.2016
• Datum zadání: 02.05.2016
• Datum odevzdání elektronické podoby: 15.08.2016
• Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2016
• Oponenti: RNDr. Roman Šolc, Ph.D.

Předběžná náplň práce

V této práci bude zkoumán vliv různých variant fixačního roztoku formaldehydu (ředění roztoku, přítomnost pufru či kyseliny mravenčí) a délky fixace na míru fragmentace DNA získané z fixovaných tkání, a to metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce, fluorescenčním stanovením koncentrace DNA a pomocí čipové elektroforézy na přístroji bioanalyzér Agilent 2100. Kvalita a kvantita izolované DNA bude následně otestována také při stanovení DNA profilu pro identifikační účely analýzou STR (tandemová opakování krátkých motivů).

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The aim of this study is to investigate the influence of different formaldehyde solutions (dilution, buffered, with formic acid) and fixation times on the level of DNA fragmentation from the fixated tissues using quantitative polymerase chain reaction, fluorescent based quantitation and chip electrophoresis on Agilent Bioanalyzer 2100. The quality and quantity of extracted DNA will be tested by the multiplex STR analysis (Short tandem repeats).