Pairing of biologically relevant ions in aqueous solutions

• Název práce v češtině: Párování biologicky relevantních iontů ve vodných roztocích
• Název v anglickém jazyce: Pairing of biologically relevant ions in aqueous solutions
• Klíčová slova: ionty, voda, molekulová dynamika
• Klíčová slova anglicky: ions, water, molecular dynamics
• Akademický rok vypsání: 2015/2016
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO)
• Vedoucí / školitel: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 09.02.2016
• Datum zadání: 30.09.2016
• Datum potvrzení stud. oddělením: 13.07.2018
• Datum a čas obhajoby: 18.09.2018 09:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 12.09.2018
• Datum odevzdání tištěné podoby: 06.08.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 18.09.2018
• Oponenti: doc. RNDr. Milan Předota, Ph.D.

Zásady pro vypracování

- rešerše odborné literatury
- seznámení se s metodikami simulací klasické a ab initio molekulové dynamiky a s metodami výpočtů volné energie
- modelování párovaní vybraných iontů ve vodě
- sepsání diplomové práce a odborné publikace

Seznam odborné literatury

Frenkel, D.; Berend, S. Understanding Molecular Simulation, Academic Press, 2001.
Jungwirth, P.; Cremer, P.S. Beyond Hofmeister, Nature Chemistry 2014, 6, 261.

Předběžná náplň práce

Cílem je popsat párování biologicky relevantních iontů se zvláštním zřetelem na vápenatý kation jako klíčový signální ion. Tohoto cíle bude dosaženo pomocí kombinace klasické molekulové dynamiky a testovacích výpočtů ab initio molekulové dynamiky v úzkém kontaktu s experimentem.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The goal is to describe pairing of biologically relevant ions focusing in particular on calcium as a key signalling species. This task will be achieved by combination force field molecular dynamics simulations with benchmarking ab initio molecular dynamics in close contact with experiments.