Modeling of bio-inorganic interfaces

• Název práce v češtině: Modelování bioanorganických rozhraní
• Název v anglickém jazyce: Modeling of bio-inorganic interfaces
• Klíčová slova: peptidy, 2D materiály, lamelární zeolity, grafen, uhlíkové nanostruktury
• Klíčová slova anglicky: peptides, 2D materials, lamellar zeolites, graphene, carbon nanotubes
• Akademický rok vypsání: 2014/2015
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Ota Bludský, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 14.11.2014
• Datum zadání: 14.11.2014
• Datum odevzdání elektronické podoby: 04.05.2016
• Datum proběhlé obhajoby: 25.05.2016
• Oponenti: prof. RNDr. Petr Nachtigall, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Interakce peptidů s povrchy 2D materiálů (lamelární zeolity, grafen, uhlíkové nanomateriály)
Detailní analýza interakcí peptidů s 2D materiály (lamelární zeolity, sp2 uhlíkové povrchy, … ) bude provedena metodou DFT/CC a nově vyvinutými přesnými a spolehlivými empirickými potenciály. V rámci studie budou provedeny MD simulace konformačního chování peptidů adsorbovaných na studovaných materiálech. Interakce mezi 20 aminokyselinami a povrchem adsorbentu bude stanovena pro každý materiál, což by mohlo vést k formulaci pravidel selektivity na bio-anorganickém rozhraní mezi proteiny a povrchy různých 2D materiálů.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Interactions of peptides with surfaces of 2D materials (lamellar zeolites, graphene, carbon nanotubes)
Detailed analysis of peptide interactions with 2D materials (lamellar zeolites, graphene surfaces, etc.) will be performed by means of the DFT/CC method followed by development of accurate and reliable empirical force fields. Molecular dynamics simulations of conformational behavior of peptides adsorbed on the studied materials will be carried out. Interaction patterns among 20 amino acids will be determined for each of the investigated materials. This should lead to a formulation of selectivity rules between proteins and various 2D materials.