Databázová predikce vedleších účinků malých molekul
| Název práce v češtině: | Databázová predikce vedleších účinků malých molekul |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Database prediction of small molecules side effects |
| Klíčová slova: | protein; protein-ligand interakce; predikce |
| Klíčová slova anglicky: | protein; protein-ligand interaction; prediction |
| Akademický rok vypsání: | 2014/2015 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 29.09.2014 |
| Datum zadání: | 29.09.2014 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 20.11.2014 |
| Zásady pro vypracování |
| Prakticky každý proces v živých organismech je zajišťován promocí proteinů. Proteiny vykonávají svoji funkci buď vázáním se na další proteiny (protein-protein interakce), nebo na malé molekuly, tzv. ligandy (protein-ligand interakce). Mezi malé molekuly se také řadí naprostá většina léčiv, jejichž funkce je zajišťována právě pomocí protein-ligand interakcí. Predikce míst, kam se může ligand vázat, napomáhá k odhadu možných vedlejších účinků dané látky. Je-li k dispozici databáze známých protein-ligand aktivních míst, pak ji lze využít pro identifikaci vedlejších účinků. Vstupem problému je existující protein-ligand komplex a výstupem je pak seznam aktivních míst databázových proteinů, kam by se ligand mohl také vázat. Cílem práce je pak navrhnout a otestovat algoritmus, který pomocí distribuce fyzikálně-chemických vlastností popíše aktivní místo dotazovaného protein-ligand komplexu a tento popis pak využije jako dotaz do databáze. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Jones, N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[2] Liljas, A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009 [3] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [4] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 |