Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur
| Název práce v jazyce práce (slovenština): | Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur |
|---|---|
| Název práce v češtině: | Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur |
| Název v anglickém jazyce: | RNA secondary structure visualization using existing structures |
| Klíčová slova: | RNA, sekundárna štruktúra, vizualizácia, konzervovanosť |
| Klíčová slova anglicky: | RNA, secondary structure, visualization, conservation |
| Akademický rok vypsání: | 2014/2015 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | slovenština |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Řešitel: | Mgr. Richard Eliáš - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 26.09.2014 |
| Datum zadání: | 26.09.2014 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 18.11.2014 |
| Datum a čas obhajoby: | 08.09.2016 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 28.07.2016 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 28.07.2016 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 08.09.2016 |
| Oponenti: | Mgr. Jan Jelínek |
| Zásady pro vypracování |
| Cílem práce je implementace metody schopné vizualizovat velké (v řádu tisíců nukleotidů) RNA molekuly. Obecně je vizualizace velkých RNA molekul obtížná a existující algoritmy jsou vesměs časově velice náročné. Naimplementovaná metoda by měla řešit problém využíváním existujících vizualizací struktur jako šablon. Na částech vizualizované RNA, kde se bude struktura shodovat se strukturou stávající bude použita vizualizace ze šablony a na zbytku struktury bude dopočítána. Součástí práce by měl být jak konkrétní návrh algoritmu (identifikace konzervovaných částí RNA struktury s neznámou vizualizací a vzorové RNA sturktury, doplnění neznámých částí) tak vývoj nástroje implementujícího daný algoritmus. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Shihyen Chen, Kaizhong Zhang. An improved algorithm for tree edit distance with applications for RNA secondary structure comparison. Journal of Combinatorial Optimization, 27(4), pp. 778-797, 2012.
[2] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004 [3] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009 |