Kinetická analýza enzymové aktivity modelových hemových senzorových proteinů
| Název práce v češtině: | Kinetická analýza enzymové aktivity modelových hemových senzorových proteinů |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Enzyme activity analysis of function domains belonging to model heme-containing sensor proteins |
| Klíčová slova: | histidinkinasa, hemové sensorové proteiny, fosfodiesterasa, diguanylátcyklasa |
| Klíčová slova anglicky: | histidine kinase, heme-containing sensor proteins, phosphodiesterase, diguanylate cyclase |
| Akademický rok vypsání: | 2014/2015 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra biochemie (31-250) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
| Datum přihlášení: | 07.10.2014 |
| Datum zadání: | 07.10.2014 |
| Datum a čas obhajoby: | 10.09.2018 10:30 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 29.06.2018 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 10.09.2018 |
| Oponenti: | prof. doc. Ing. Tomáš Macek, CSc. |
| prof. MUDr. Libor Vítek, Ph.D. | |
| Předběžná náplň práce |
| Senzorové proteiny obsahující hem jsou novou skupinou hemoproteinů s unikátními vlastnostmi. Tyto proteiny mají vždy minimálně dvě domény: senzorovou (detekující hem nebo detekující plyn prostřednictvím hemu) a funkční (často enzymově aktivní). Máme k dispozici několik modelových systémů - histidinkinasa spojená s globinovou strukturou (AfGcHK), diguanylátcyklasa spojená s globinovou strukturou (YddV) a fosfodiesterasa fungující jako přímý kyslíkový senzor (EcDOS). Všechny studované enzymy působí jako kyslíkové senzory prostřednictvím hemu v senzorové doméně.
Cílem disertační práce bude přinést nové informace přispívající k objasnění způsobu interakce senzorové a funkční domény v modelových senzorových proteinech obsahujících hem a především v proteinu AfGcHK. Prostředkem pro tento úkol bude kinetická analýza enzymové aktivity modelových senzorových proteinů (především autofosforylační aktivita AfGcHK) při různých modifikacích senzorové domény. Bude se jednat o různé redoxní a ligandové stavy iontu železa v hemu lokalizovaném v senzorové doméně. Dále budou použity metody heterologní exprese, „site directed“ mutageneze a různé spektroskopické přístupy. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| An emerging class of novel heme-based oxygen sensors containing a globin fold binds and senses environmental O2 via a heme iron complex. Structure-function relationships of oxygensensors containing a heme-bound globin fold are different from those containing heme-bound PAS and GAF folds. It is thus worth reconsidering from an evolutionary perspective how heme-bound proteins with a globin fold similar to that of hemoglobin and myoglobin could act as O2 sensors. We will focus on three systems - a globin-couple histidin kinase (AfGcHK), a globin-couple diguanylate cyclase (YddV) and a phosphodiesterase working as a direct oxygen sensor (EcDOS).
The aim of the study is to evaluate the molecular mechanism of intraprotein/interdomain signal transduction in model heme-based oxygen sensors. We are specially interested in sensor and function domains interaction. |