Importance of fungal decomposition of wood in the ecosystems of natural forests

• Název práce v češtině: Význam rozkladu dřeva houbami v ekosystémech přirozeného lesa
• Název v anglickém jazyce: Importance of fungal decomposition of wood in the ecosystems of natural forests
• Klíčová slova: dynamika tlejícího dřeva, dřevorozkladné houby, dekompozice, mikrobiální komunita, Ilumina MiSeq sekvenování
• Klíčová slova anglicky: deadwood dynamics, wood-decaying fungi, decomposition, microbial community, next-generation-sequencing
• Akademický rok vypsání: 2015/2016
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 13.11.2015
• Datum zadání: 15.01.2016
• Datum odevzdání elektronické podoby: 15.08.2017
• Datum proběhlé obhajoby: 15.09.2017
• Oponenti: Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Mrtvé dřevo představuje kvantitativně významný zásobník organické hmoty v přirozených lesích a zároveň specifický substrát, bohatý na organické živiny, jejichž dostupnost je však omezena nízkým obsahem dusíku a fyzikálními vlastnostmi dřeva. V mrtvém dřevě se proto vyvíjí specifické společenstvo mikroorganismů, v němž dominují houby. Cílem práce je popsat složení společenstva hub ve vybraných přirozených lesích, analyzovat enzymové aktivity a genetické determinanty rozkladu a s využitím podrobných průzkumů množství a kvality mrtvého dřeva kvantifikovat biomasu hub a dekompozici na úrovni vybraných ekosystémů. U tlejících kmenů v různých fázích rozkladu bude popsáno chemické složení, rychlost rozkladu, aktivita extracelulárních enzymů a exprese genů hub a tyto hodnoty budou použity pro popis struktury a funkce společenstva mikrobiálních rozkladačů. Pro studium bude využito nejnovějších přístupů současné mikrobiální ekologie včetně metagenomiky popřípadě metatranskriptomiky.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Deadwood represents a quantitatively important pool of organic matter in natural forests as well as a specific substrate rich in organic nutrients. Because the availability of organic compounds in wood may be limited by low N content and physical properties of wood, specific microbial community develops on deadwood, dominated by fungi. The aim of this work is to describe the composition of fungal communities in selected natural forests, to analyze enzymatic activities and thier genetic determinants and to quantify the biomass of fungi and decomposition rates at the level of selected ecosystems with the use of available deadwood surveys. Chemical composition, decomposition rate, activity of extracellular enzymes and expression of fungal genes will be followed in deadwood samples at different stages of decay and used for the description of the structure and functioning of the decomposer community. Modern methods of microbial ecology will be used including metagenomics and metatranscriptomics.