Genomics of Preaxostyla flagellates
Název práce v češtině: | Genomika bičíkovců skupiny Preaxostyla |
---|---|
Název v anglickém jazyce: | Genomics of Preaxostyla flagellates |
Klíčová slova: | Genom, anotace genomu, energetický metabolismus, metabolismus aminokyselin, buněčná lokalizace proteinů, mitochondrie |
Klíčová slova anglicky: | Genome, genome annotation, energy metabolism, amimo acid metabolism, cell localisation of proteins, mitochondria |
Akademický rok vypsání: | 2013/2014 |
Typ práce: | disertační práce |
Jazyk práce: | angličtina |
Ústav: | Katedra parazitologie (31-161) |
Vedoucí / školitel: | doc. Mgr. Vladimír Hampl, Ph.D. |
Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
Datum přihlášení: | 02.12.2013 |
Datum zadání: | 03.12.2013 |
Datum a čas obhajoby: | 31.01.2020 10:00 |
Datum odevzdání elektronické podoby: | 02.11.2019 |
Datum proběhlé obhajoby: | 31.01.2020 |
Oponenti: | prof. Robert Hirt, Ph.D. |
prof. Mark Van der Giezen, Ph.D. | |
Předběžná náplň práce |
Trimastix pyriformis je volně žijící mikroaerofilní prvok s typicky exkavátní morfologií. Patří
do skupiny Metamonada v rámci eukaryoticke „říše“ Excavata. Jeho nejbližšími příbuznými jsou endobiotické oxymonády, které jsou mezi eukaryoty výjimečné tím, že u nich dosud nebyla nalezena mitochondrie a je možné, že ji v průběhu evoluce zcela ztratily. Naproti tomu v buňce trimastixe se nacházejí dvojmembránové organely, které pravděpodobně představují redukované mitochondrie podobné hydrogenozomům či mitozomům známým z jiných zástupců metamonád. Studium buněčné biologie trimastixe je tedy důležité zejména ve fylogenetickém kontextu. Srovnání struktury a funkce buňky trimastixe s oxymonádami na jedné straně a ostatními metamonádami na straně druhé může poodhalit mnohé o evoluční historii mitochondrie i celé eukaryotické buňky. Naše skupina se výzkumu trimastixe věnuje dlouhodobě a dalším významným krokem bude osekvenování kompletního jaderného genomu tohoto organizmu (předpokládáme velikost 40 MB). Tím se zaplní relativně velká mezera v genomickém zmapování prvoků, protože z celé skupiny Excavata byly dosud osekvenovány pouze dva volně žijící organizmy (Naegleria a Bodo), které navíc nepatří mezi metamonády. Práce Lukáše Nováka bude součástí tohoto širšího projektu. Bude se zabývat anotováním vybraných buněčných systémů trimastixe, zejména mitochondriální organely, ale i meiotické a mitotické mašinerie, cytoskeletálních proteinů a dalších. Jádrem jeho projektu ale v první řadě bude navazující experimentální práce na lokalizaci vybraných genů na chromozomech a/nebo jejich proteinových produktů v rámci celé buňky. Bude se také podílet na vývoji transfekčního systému pro trimastixe s cílem usnadnit budoucí výzkum tohoto organizmu. |