Evoluce velikosti genomu v čeledi Costaceae

• Název práce v češtině: Evoluce velikosti genomu v čeledi Costaceae
• Název v anglickém jazyce: Genome size evolution in Costaceae
• Klíčová slova: velikost genomu, fylogeneze, biogeografie, polyploidizace
• Klíčová slova anglicky: genome size, phylogeny, biogeography, polyploidization
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra botaniky (31-120)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
• Řešitel: Mgr. Alžběta Böhmová - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 27.11.2013
• Datum zadání: 08.01.2014
• Datum odevzdání elektronické podoby: 02.05.2016
• Datum proběhlé obhajoby: 08.06.2016
• Oponenti: RNDr. Vlastimil Rybka, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Velikost genomu je jednou z charakteristik druhu a může se během evoluce měnit (zvětšovat nebo zmenšovat). V rámci širší skupiny, např. čeledi, je důležité se podívat, jak se velikost genomu mění během evoluce a pokusit se změny interpretovat ve fylogenetickém kontextu. Costaceae jako pantropicky rozšířená čeleď s částečně známou fylogenezí je dobrým příkladem pro tento typ studie, protože srovnání velikosti genomu s fylogenezí a biogeografií (v ideálním případě i zasazené do časového kontextu, tedy využití datované fylogeneze) umožní nahlédnout do dynamiky procesů na rozsáhlé časové i prostorové škále. Práce také naváže na rozsáhlou studii o velikosti genomu v sesterské čeledi Zingiberaceae a podle možností bude provedena i společná analýza obou čeledí. Práce bude probíhat na materiálu, který je k dispozici v Pražské botanické zahradě, v Královské botanické zahradě v Edinburghu (RBGE) a v Botanické zahradě v Singapuru (SBG). Diplomantka bude spolupracovat s J. Leong-Škorničkovou (SBG) a O. Šídou (Národní Muzeum, Praha).
Základní otázky - 1. Koreluje velikost genomu s fylogenezí čeledi? Mají různé geografické skupiny i odlišnou velikost genomu? 2. Jak častá je polyploidizace? 3. Je možné pozorovat jednoznačný trend v evoluci velikosti genomu nebo se genom opakovaně zvětšuje a zmenšuje? 4. Jaká je časová dynamika evoluce velikosti genomu?
Metodika - průtoková cytometrie, DNA sekvenování (ITS, matK), případně i počítání chromosomů
Konzultant - E. Záveská

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Genome size is often species specific and chages throughout the evolution (genome up- and down-sizing). At higher, e.g., family, level it is possible to interpret genome size changes in phylogenetic context. Costaceae as a pantropical family with partially known phylogeny can serve as an example for such study since comparison of genome size with phylogeny and biogeography (ideally within in a chronological context, i.e. using dated phylogeny) allow to address dynamics of processes at larger spatial and time scale.