Studium epigenetických regulací HLA genů II. třídy v rámci příbuzenských vztahů.

• Název práce v češtině: Studium epigenetických regulací HLA genů II. třídy v rámci příbuzenských vztahů.
• Název v anglickém jazyce: The study of epigenetic regulation of gene HLA II. Clas within family relationships
• Klíčová slova: epigenetika, metylace DNA, histonové modifikace, HLA II. třídy, DQA1, exprese mRNA
• Klíčová slova anglicky: epigenetics, DNA methylation, histone modifications, HLA class II, DQA1, mRNA expression
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: prof. MUDr. Marie Černá, DrSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 12.11.2013
• Datum zadání: 12.12.2013
• Datum odevzdání elektronické podoby: 13.08.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 11.09.2015
• Oponenti: Mgr. Jana Urbanová, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Dědičné modifikace genové exprese, které se netýkají nukleotidových změn v kódující sekvenci, jsou nazývány jako “epigenetické”. Hlavní epigenetické mechanizmy zahrnují metylaci DNA (zejména se jedná o metylaci cytosinu) a kovalentní post-translační modifikace histonů (nejlépe charakterizované jsou acetylace a metylace). Epigenetické mechanizmy jsou esenciální nejen pro vývoj, buněčnou diferenciaci, či ochranu proti virovým genomům, ale ukazují se kritickými i během života buňky a organizmu pro integraci signálů, a to jak endogenních (signalizace autokrinní, parakrinní a endokrinní), tak exogenních z vnějšího prostředí. Podle analogie, deregulace epigenetických mechanizmů je asociována s množstvím poruch, které zahrnují nejen vznik karcinomů, ale i poruchy metabolické a autoimunitní. Například, v imunitním systému mohou, prostřednictvím jak maskování/odmaskování potenciálních tkáňových antigenů, tak modulace diferenciace a odpovědi imunitních efektorových buněk, vyvolat autoimunitní reakce.
Molekuly HLA hrají centrální roli v imunitní odpovědi. HLA II. třídy se účastní selekce T buněčného repertoáru v thymu a prezentace antigenních peptidů CD4-pozitivním T lymfocytům. HLA II. třídy fungují jako restrikční prvky v prezentaci antigenů T lymfocytům a jejich exprese na povrchu buněk je nezbytná pro spuštění imunitních odpovědí. Regulace transkripce II. třídy HLA genů představuje komplexní systém zahrnující "cis-acting" DNA sekvenci a "trans-acting" proteinové faktory
Cílem práce je analyzovat epigenetické modifikace alel HLA II. třídy, zejména genů HLA-DQA1 a DQB1, které jsou spojeny s predispozicí k autoimunitním chorobám. Pro analýzu budou použity tyto metody:
1) Analýza metylace promotoru DQA bisulfitovou metodou
2) Stanovení hladin transkriptů genů DQA a DQB
3) Analýza stupně acetylace a metylace histonů imunoprecipitací a kvantitativním PCR