Analysis of the genome of a free-living amoeba Mastigamoeba balamuthi and its comparison with pathogenic Entamoeba histolytica

• Název práce v češtině: Analýza genomu volně žijící améby Mastigamoeba balamuthi a porovnání s patogenní amébou Entamoeba histolytica
• Název v anglickém jazyce: Analysis of the genome of a free-living amoeba Mastigamoeba balamuthi and its comparison with pathogenic Entamoeba histolytica
• Klíčová slova: Genom,améba, Mastigamoeba balamuthi, patogen, Entamoeba histolytica
• Klíčová slova anglicky: Genomics, protist, Mastigamoeba balamuthi,pathogen, Entamoeba histolytica
• Akademický rok vypsání: 2012/2013
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra parazitologie (31-161)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 17.10.2012
• Datum zadání: 17.10.2012
• Datum odevzdání elektronické podoby: 06.04.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 07.07.2020
• Oponenti: prof. Iris Bruchhaus, Dr.

Předběžná náplň práce

Projekt je zaměřen na studium evoluce parazitismu s využitím modelu volně žijící améby Mastigamoebabalamuthi a příbuzného lidského patogena Entamoeba histolytica. Srovnávací genomika volně žijících apříbuzných parazitických druhů je esenciální pro pochopení evoluce parazitismu a v důsledku ibuněčných funkcí parazitických organismů. Očekáváme, že navrhovaná studie umožní identifikovatkomponenty genomu, které vymizely během adaptace volně žijících organismů k parazitickému způsobuživota, modifikace ancestrálních genů, které nabyly u parazitů nové funkce i získání zcela nových genů vsouvislosti s parazitismem a patogenitou. Studie zahrnuje (i) sekvenaci genomu M. balamuthi, jehobioinformatickou analýzu a porovnání s genomem E. histolytica, který je dostupný a (ii) srovnávacístudium vybraných buněčných funkcí, k jejichž změnám došlo v souvislosti s tranformací volně žijících naparazitické organismy, zejména redukce mitochondrie, modifikace vesikulárního transportu a způsobupohybu (ztráta bičíku, rozvoj amébovitého pohybu).

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

In this project we propose a comparative genomic study of free-living protists Mastigamoeba balamuthiand its parasitic relative Entamoeba histolytica. Analyses of genome sequences of free-living relatives ofparasitic species are critical for understanding of evolution of parasitism. We expect that comparison ofproposed genomes might allow to identify which genome components have been lost and which changeshave contributed to the reductive evolution of the genome in relation to parasitism. We might alsoidentify features of parasitic genomes that are related to their free-living ancestry, modifications ofancestral genes facilitating novel function related to adaptations to new niches as well as acquisition ofnovel genes involved in parasite-host relationship and pathogenicity.The study includes (i) determinationof a genome sequence of M. balamuthi and its bioinformatic comparison with the genome sequenceavailable for E. histolytica, and (ii) comparative studies of selected cellular functions that might beassociated with a transition of a free-living to parasitic lifestyle.