Domestikace zvířat byla klíčovou událostí, díky které bylo umožněno určitá zvířata nejen účinněji využívat, ale také je šlechtit. Pomocí různých křížení došlo k vytvoření nových forem využitelných v zemědělství. Umělá selekce a hybridizace jsou základem současné variability plemen hospodářských zvířat. Cílem této práce je shrnutí molekulárně genetických metod, které byly doposud použity při hledání původu domestikovaných druhů zvířat. Právě metody molekulární genetiky mohou být vzhledem k již dávno zapomenutému způsobu vzniku těchto plemen a nevýhod srovnávací morfologie jedinou cestou, která může vést k odhadnutí fylogeneze plemen hospodářských zvířat. Dalším cílem je na základě shod a rozdílů mezi jednotlivými metodami posoudit použití těchto metod a dále zhodnotit věrohodnost hypotéz o původu vybraných plemen domácích zvířat.