Modelování interakcí cytochromů P450 s flavodoxinem

• Název práce v češtině: Modelování interakcí cytochromů P450 s flavodoxinem
• Název v anglickém jazyce: Interaction of Cytochromes P450 with Flavodoxin: a theoretical study
• Klíčová slova: cytochromy P450, flavodoxin, protein-protein interakce, počítačové modelování, docking, molekulová dynamika
• Klíčová slova anglicky: cytochromes P450, flavodoxin, protein-protein interactions, computer-aided modeling, docking, molecular dynamics
• Akademický rok vypsání: 2011/2012
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. Václav Martínek, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 30.10.2011
• Datum zadání: 06.12.2011
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.05.2013
• Datum proběhlé obhajoby: 27.05.2013
• Oponenti: Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Během řešení práce se posluchač seznámí se základními technikami počítačového modelování vzájemných interakcí proteinů. Bude využito programů pro informací řízený i ab initio protein-protein docking, s následnou optimalizací struktury pomocí technik molekulové dynamiky. Výsledky opak budou korelovány s experimentálními daty případně použity k návrhu cílených mutací vedoucích k zesílení pozorované interakce.
Vzhledem k povaze práce je téma vhodné pro studenta znalého základů bioinformatiky, výhodou je také zkušenost s operačními systémy bázi unixu.
Pokud máte o tuto práci zájem, prosím kontaktujte mne, rád Vám poskytnu bližší informace, popř. přizpůsobím téma práce.