Epigenetické faktory regulace genů HLA II. třídy a jejich role u autoimunitního diabetes mellitus.

• Název práce v češtině: Epigenetické faktory regulace genů HLA II. třídy a jejich role u autoimunitního diabetes mellitus.
• Název v anglickém jazyce: Epigenetic factors regulating HLA clas II genes and their role in autoimmune diabetes.
• Akademický rok vypsání: 2011/2012
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
• Vedoucí / školitel: prof. MUDr. Marie Černá, DrSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 14.10.2011
• Datum zadání: 24.10.2011

Předběžná náplň práce

Diabetes mellitus 1. typu se vyvíjí jako následek autoimunitní destrukce b-buněk Langerhansových pankreatických ostrůvků. Dědičnost diabetu 1.typu má multifaktoriální charakter, který představuje mnohonásobný epistázový model, kde náchylnost k imunopatologickému symptomu je definována specifickou kombinací mnohočetných genových lokusů a vlivů zevního prostředí.
Asociace diabetu 1. typu s určitými lidskými leukocytárními antigeny (HLA) II. třídy: DR3 a DR4, DQB1*0201, DQB1*0302, a DQA1*0301 svědčí pro významnou účast HLA genetických znaků v jeho etiopatogenezi. V poslední době se ukazuje, že nejenom genetická variabilita, ale také epigenetické jevy se mohou podílet na vzniku autoimunity. Epigenetické jevy představují dědičné změny v genové expresi, které nealterují nukleotidovou sekvenci. Takové modifikace zahrnují metylaci chromatinu, čili metylaci DNA promotorových úseků v oblasti CpG ostrůvků, a post-translační modifikaci histonů nebo dalších s chromatinem asociovaných proteinů, které se acetylují, metylují a fosforylují. Kombinatorická podstata těchto procesů formuje komplexní síť epigenetických modifikací, které regulují genovou expresi na základě aktivace nebo inaktivace genů.
Cílem práce je analyzovat metylační status jednotlivých alel HLA II. třídy, zejména hlavního predispozičního antigenu pro diabetes 1. typu, antigenu HLA-DQ. Pro analýzu budou použity tyto metody:
1) Bisulfitické opracování genomické DNA, které konvertuje cytosiny na uracily a nechává metylcytosiny nedotčené.
2) V následující polymerázové řetězové reakci (PCR) se nemetylované cytosiny objeví jako thyminy, kdežto metylcytosiny zůstávají jako cytosiny.
3) Analyzovaná oblast se detekuje pomoci sekvenování.