Computational study of short peptides and miniproteins in different environments

• Název práce v češtině: Výpočetní studie krátkých peptidů a miniproteinů a vliv prostředí na jejich konformaci.
• Název v anglickém jazyce: Computational study of short peptides and miniproteins in different environments
• Klíčová slova: metadynamika, peptidy, konformace, výpočetní metody, protein
• Klíčová slova anglicky: metadynamics, peptides, conformation, computational methods, protein
• Akademický rok vypsání: 2009/2010
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 13.10.2010
• Datum zadání: 13.10.2010
• Datum a čas obhajoby: 16.09.2014 11:30
• Datum odevzdání elektronické podoby: 25.06.2014
• Datum proběhlé obhajoby: 16.09.2014
• Oponenti: prof. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D.

Předběžná náplň práce

studium krátkých peptidových motivů a jejich konformačního uspořádání s ohledem na možný impact pro protein folding
statistická analýza krátkých peptidových úseků z PDB database a korelace statistických dat s výsledky metadynamiky
vliv prostředí na konformační chování peptidů specificky vliv vody a denaturačních činidel jako jsou močovina na tvar a chaakter FES
implementace rozvinutých teoretických metod v metadynamice a srovnávací studie s empirickými potenciály

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

theoretical study of short peptide motifs and their conformations with respect to a protein folding process
statistical analysis of short peptide motifs from protein data bank an a correlation with results obtained by metadynamics
study of environment influence on conformational preferences of peptides, specific effect of water, urea on FES
implementation of advanced theoretical methods in metadynamics and comparative study based on empirical potential attempt