Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass

• Název práce v češtině: Studium úlohy Antibakterií a hub účastnícch se degradace rostlinné biomasy kombinací biochemických a moderních sekvenčních metod
• Název v anglickém jazyce: Combination of biochemical and high-throughput-sequencing approaches to study the role of Antinobacteria and fungi in the decomposition of plant biomass
• Klíčová slova: ekologie mikroorganismů, dekompozice, lesní půda
• Klíčová slova anglicky: microbial ecology, decomposition, forest soil
• Akademický rok vypsání: 2009/2010
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 08.03.2010
• Datum zadání: 08.03.2010
• Datum a čas obhajoby: 08.03.2016 13:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 16.12.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 08.03.2016
• Oponenti: Mgr. Martina Slaninová Kyselková, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Pro degradaci odumřelé rostlinné biomasy v ekosystémech je rozhodující aktivita saprotrofních hub a bakterií, zejména zístupců aktinomycet. Zatímco degradační schopnosti hub a jejich výskyt na rostlinném opadu a dřevě jsou dostatečně známy, podíl aktinomycet je obtížné odhadnout. Aktinomycety náleží k jedné z nemnoha bakteriálních skupin, které jsou schopny modifikovat či rozkládat lignin. O jejich degradačních schopnostech a enzymovém aparátu, který pro rozklad používají však není rovněž mnoho známo a rovněž informace o druzích asociovaných s odumřelou rostlinnou biomasou jsou omezené. Cílem práce je (1) charakterizovat společenstvo hub a aktinomycet, asociovaných s rozkládající se rostlinnou biomasou, (2) isolovat zástupce aktinomycet z odumřelé rostlinné biomasy a pokusit se objasnit způsob rozkladu rostlinné hmoty u vybraného izolátu. Práce bude kombinovat přístupy molekulární biologie (identifikace kmenů a mikrobních společenstev, detekce funkčních genů, kvantifikace biomasy jednotlivých skupin), mikrobiologie a biochemie (charakterizace rozkladného systému). Studovanými modelovými látkami budou lesní opad, dřevo a agrární rezidua po sklizni.