Cílené vyhledávání genů sekundárního metabolismu ve streptomycetách.

• Název práce v češtině: Cílené vyhledávání genů sekundárního metabolismu ve streptomycetách.
• Název v anglickém jazyce: The directed search of genes for secondary metabolites in streptomycetes.
• Klíčová slova: aktinomycety, antibiotika, A-domény NRPS, PCR, 16S ribozomální DNA
• Klíčová slova anglicky: actinomycetes, antibotics, A-domain NRPS, PCR, 16S ribosomal DNA
• Akademický rok vypsání: 2009/2010
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Lucie Najmanová, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 22.01.2010
• Datum zadání: 22.01.2010
• Datum odevzdání elektronické podoby: 22.08.2011
• Datum proběhlé obhajoby: 19.09.2011
• Oponenti: doc. RNDr. Blanka Janderová, CSc.

Předběžná náplň práce

V rámci této práce byla navržena sada degenerovaných primerů pro vyhledávání A-domén NRPS metodou PCR a byly optimalizovány podmínky reakce. Zdrojem genetické informace pro vyhledávání zajímavých A-domén NRPS, použitelných pro konstrukci hybridních biosyntetických shluků, bude v první fázi sbírka cca 800 půdních izolátů aktinomycet. Kmeny této sbírky byly charakterizovány taxonomicky (sekvenace 16S rDNA) a sbírka byla utříděna (byly vyloučeny duplicitní kmeny). Z vybraných izolátů byla izolována chDNA, která bude templátem pro vyhledávání A-domén NRPS a případně jakýchkoli dalších zajímavých genových aktivit. Navržená sada degenerovaných primerů je naopak použitelná i pro vyhledávání v širším měřítku, například v půdním metagenomu.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

In this work a set of degenerate primers for PCR searching of NRPS A-domains was proposed and the conditions of PCR reaction were optimized. In the first step a collection approximately 800 isolates of soil actinomycetes will serve as a source of genetic information for search of interesting NRPS A-domains, applicable for the construction of hybrid biosynthetic clusters. The isolates of this collection have been also characterized taxonomically (16S rDNA sequencing) and the collection was sorted in order to eliminace the duplicate strains. Chromosomal DNAs were isolated from selected strains, which will serve as a template for search of NRPS A-domains and pošibly in future also other interesting gene activities. The proposed set of degenerate primers on the other hand can also be used for searching on a wider scale, such as in soil metagenom.