Vícečetné zarovnávání sekvencí

• Název práce v jazyce práce (slovenština): Vícečetné zarovnávání sekvencí
• Název práce v češtině: Vícečetné zarovnávání sekvencí
• Název v anglickém jazyce: Multiple sequence alignment
• Klíčová slova: bioinformatika, zarovnanie, sekvencie
• Klíčová slova anglicky: bioinformatics, alignment, sequences
• Akademický rok vypsání: 2009/2010
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: slovenština
• Ústav: Katedra aplikované matematiky (32-KAM)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Ondřej Pangrác, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 17.11.2009
• Datum zadání: 19.01.2010
• Datum a čas obhajoby: 16.09.2010 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 06.08.2010
• Datum odevzdání tištěné podoby: 06.08.2010
• Datum proběhlé obhajoby: 16.09.2010
• Oponenti: Mgr. Martin Bálek

Zásady pro vypracování

Tato práce navazuje na ročníkový projekt. Úkolem studenta je nastudovat, analyzovat a implementovat (v jazyce Java) několik algoritmů pro vícečetné zarovnávání sekvencí, což je jedna za základních úloh bioinformatiky.

Seznam odborné literatury

Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner: Introduction to Bioinformatics Algorithms (2004)
články ze sborníků LNBI
odborné články z internetu (vhodná např. http://lyle.smu.edu/~saad/courses/cse8354/lectures/lecture6.pdf)

Předběžná náplň práce

Jednou ze základních úloh bioinformatiky je zarovnávání sekvencí (nukleidových nebo proteinových) a tím umožnit jejich porovnávání. Tento postup vede k možnostem určení příbuznosti druhů, hledání funkčních skupin v řetězcích DNA a podobně.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

One of the fundamental problems of bioinformatics is the sequence alignment (for gene or protein sequences). It enables to compare sequences and find relative species or to identify specific parts in sequences.