Theoretical Study of the Conformational Behavior and Structural Preferences of Amino Acids in Peptides by Metadynamics

• Název práce v češtině: Teoretická studie konformačního chování a strukturálních preferencí aminokyselin v peptidech pomocí metadynamiky
• Název v anglickém jazyce: Theoretical Study of the Conformational Behavior and Structural Preferences of Amino Acids in Peptides by Metadynamics
• Akademický rok vypsání: 2008/2009
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 31.01.2008
• Datum zadání: 02.04.2009
• Datum odevzdání elektronické podoby: 27.05.2009
• Datum proběhlé obhajoby: 27.05.2009
• Oponenti: RNDr. Ota Bludský, CSc.

Předběžná náplň práce

Cílem práce je studium konformačního chování aminokyselin v sekvenčním a strukturálním kontextu krátkých peptidů z hlediska jejich dynamiky a lokalizace energetických minim na ploše volné energie. Centrální metodou je metadynamika - moderní výpočetní metoda pro stanovení profilu volné energie založená na nerovnovážné molekulové dynamice. Výsledky by měly být porovnány se statistickou analýzou konformačního chování aminokyselin v proteinech na souboru získaném z proteinové databanky.