Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 390)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Mikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů nukleových kyselin
Název práce v češtině: Mikrokalorimetrické studium termodynamické stability hybridních komplexů
nukleových kyselin
Název v anglickém jazyce: Thermodynamic Stability of Hybrid Nucleic Acid Complexes: Microcalorimetric
Study
Akademický rok vypsání: 2007/2008
Typ práce: diplomová práce
Jazyk práce: čeština
Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 11.10.2007
Datum zadání: 11.10.2007
Datum a čas obhajoby: 14.09.2009 00:00
Datum odevzdání elektronické podoby:14.09.2009
Datum proběhlé obhajoby: 14.09.2009
Oponenti: RNDr. Hana Vaisocherová, Ph.D.
 
 
 
Zásady pro vypracování
1. Provést rešerši publikovaných prací o komplexech modifikovaných oligonukleotidů s přirozenou NA
a vypracovat přehled použitých metodik a získaných termodynamických údajů.
2. Na základě testovacích měření stanovit optimální parametry pro měření komplexů NA na
DSC zařízení. Kalibrovat přístroj pomocí látek se známou měrnou tepelnou kapacitou.
3. Provést sérii měření duplexů tvořených analogy DNA oligonukleotidů a RNA cílovou
sekvencí, vyhodnotit termodynamické charakteristiky, provést porovnání získaných dat
a interpretovat je s ohledem na typy chemických modifikací u analog oligonukleotidů.
Seznam odborné literatury
B. Alberts et al. ,Molecular biology of the cell, Garland Science, New York 2002 (vybrané části)
W. Saenger, Principles of nucleic acid structure, Springer, Berlin 1988
V.A.Bloomfield et al. , Nucleic Acids structures, properties and functions, Univ.Science Books, Sausalito 2000
Vybrané původní práce
Předběžná náplň práce
Základní myšlenkou oligonukleotidové terapie je tvorba specifických komplexů mezi syntetickým
oligonukleotidem s modifikovanou chemickou strukturou cukr-fosfátové páteře a cílovou
sekvencí na molekule nukleové kyseliny (NA), nejčastěji RNA.
Pro vývoj a optimalizaci nových typů analog nukleotidů pro oligonukleotidovou terapii je
důležité zjišťovat in vitro fyzikálně-chemické vlastnosti komplexů mezi syntetickým oligonukleotidem
a cílovou molekulou NA. Mezi nejdůležitější charakteristiky patří termodynamické parametry a jejich
citlivost na vnější podmínky. Diferenciální mikrokalorimetrie je citlivá technika umožňující tyto
parametry měřit.
Cílem práce je vypracovat metodiku pro stanoveni nejen změn termodynamických parametrů při
rozpadu/vytvoření komplexu, ale i hodnoty měrné tepelné kapacity komplexu pod teplotou tání,
a dále termodynamicky charakterizovat vybranou sérii syntetických oligonukleotidů z hlediska tvorby
jejich komplexů s přirozenou NA.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK