Strukturní flexibilita regulačního segmentu DNA

• Název práce v češtině: Strukturní flexibilita regulačního segmentu DNA
• Název v anglickém jazyce: Structural flexibility of regulatory DNA element
• Akademický rok vypsání: 2007/2008
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 10.10.2007
• Datum zadání: 10.10.2007
• Datum a čas obhajoby: 14.09.2009 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 14.09.2009
• Datum proběhlé obhajoby: 14.09.2009
• Oponenti: Ing. Ivan Rosenberg, CSc.

Zásady pro vypracování

1. Prostudovat určenou literaturu a sepsat krátký přehled o nejznámějších sekvencích regulačních míst DNA
a o publikovaných výsledcích týkajících se CArG boxu.
2. Proměřit sérii DNA duplexů se sekvencí CArG boxu s redukovanou délkou řetězce pomocí teplotní závislosti
UV absorpce případně Ramanova rozptylu a nalézt minimální délku oligonukleotidu nutnou k zachování
strukturních vlastností CArG boxu.
3. Navrhnout testovací soubor oligonukleotidů pro experimentální studium úlohy úseků CArG boxu při
formování jeho strukturních vlastností.
3. Na základě spektroskopických měření specifikovat, jaký vliv mají jednotlivé nukleotidy na strukturní
vlastnosti a flexibilitu CArG boxu.

Seznam odborné literatury

B. Alberts et al. ,Molecular biology of the cell, Garland Science, New York 2002 (vybrané části)
W. Saenger, Principles of nucleic acid structure, Springer, Berlin 1988
V.A.Bloomfield et al., Nucleic Acids structures, properties and functions, Univ.Science Books, Sausalito 2000
V.Prosser a kol. ,Experimentální metody biofyziky, Academia, Praha 1989 (vybrané části)
Vybrané původní práce

Předběžná náplň práce

Transkripce genetického kódu je řízena celou řadou enzymů. Některé z nich, transkripční faktory, se váží na určité úseky DNA,
které zřejmě mají díky speciální (a velmi konzervativní) sekvenci bází výrazně odlišné vlastnosti. Jedním z těchto úseků je tzv. CArG box,
kde je centrální sekvence A:T párů uzavřena mezi dvěma dvojicemi G:C párů. Ukazuje se, že tento segment, o kterém je známo,
že v komplexu s regulačním faktorem se ostře ohýbá, má tendenci samovolného ohýbání. Přitom je velmi pravděpodobné, že
prostorová struktura tohoto DNA úseku osciluje a tato její vlastnost je významná pro rozpoznání tohoto úseku příslušným enzymem.
Náplní práce je spektroskopické studium tohoto úseku DNA a jeho modelových sekvenčních variant s cílem objasnění úlohy jednotlivých
částí CArG boxu při vytváření jeho unikátních vlastností.