Studium faktorů ovlivňujících transport protonů transportním proteinem MntH.

• Název práce v češtině: Studium faktorů ovlivňujících transport protonů transportním proteinem MntH.
• Název v anglickém jazyce: Study of factors influencing proton transport mediated by MntH protein.
• Akademický rok vypsání: 2005/2006
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Eva Urbánková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 13.10.2005
• Datum zadání: 13.10.2005
• Datum a čas obhajoby: 28.05.2007 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 28.05.2007
• Datum proběhlé obhajoby: 28.05.2007
• Oponenti: RNDr. Markéta Žáčková, Ph.D.

Zásady pro vypracování

1. Změřit pufrační kapacitu bakterií za používaných experimentálních podmínek. Stanovit příspěvek dýchacího řetězce.
2. Změřit podrobné pH závislosti transportu protonů indukovaného kadmiem pro nemutovaný MntH a některé jeho jednobodové mutanty.
3. Porovnat různé způsoby zpracování měřeného transportu protonů (změny koncentrace protonů ve fixních časech, množství přenesených protonů, kinetika transportu v krátkých časech).

Seznam odborné literatury

Cellier,M., Gros,P.: The Nramp Family (Molecular biology intelligence unit), Springer 2004
Chaloupka,R., Courville,P., Veyrier,F., Knudsen,B., Tompkins,T.A., Cellier,M.F.M.: Identification of functional amino acids in the Nramp family by a combination of evolutionary analysis and biophysical studies of metal and proton cotransport in vivo (2005) Biochemistry 44: 726-733

Předběžná náplň práce

Předkládané téma se zabývá membránovým transportem přes plasmatickou membránu bakterií, konkrétně ko-transportem dvojmocných kovových iontů s protony. Hlavní skupinou proteinů zajišťujících tento druh transportu jsou membránové transportéry z rodiny Nramp/MntH (Natural Resistance-Associated Macrophage Protein / Proton-dependent Manganese Transporter), které hrají důležitou roli v homeostázi kovových iontů nejen u bakterií, ale i u živočichů, rostlin a kvasinek. I přes klíčovou fyziologickou roli MntH transportních proteinů jsou poznatky o mechanismu, jímž transport probíhá, velmi sporé, zejména kvůli absenci vhodných experimentálních metod. Náplní diplomové práce bude další rozvoj a přesnější charakterizace metody užívané při měření transportu H+ pomocí pHluorinu (zeleného fluorescenčního proteinu citlivého na pH) exprimovaného přímo v cytosolu bakterií E. coli.
Hlavními cíli práce bude stanovení pufrační kapacity bakterií za daných experimentálních podmínek a určení příspěvku dýchacího řetězce (případně dalších faktorů), měření podrobné pH závislosti transportu protonů indukovaného Cd2+ pro MntH z E. coli a vybrané jednobodové mutanty, dále rovněž porovnání různých způsobů zpracování získaných experimentálních dat.