Optimalizace mikrovlnně podporované enzymatické proteolýzy pro identifikaci proteinu

• Název práce v češtině: Optimalizace mikrovlnně podporované enzymatické proteolýzy pro identifikaci proteinu
• Název v anglickém jazyce: Optimization of microwave assisted enzymatic proteolysis for protein identification
• Akademický rok vypsání: 2007/2008
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra analytické chemie (31-230)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Jana Sobotníková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - přihlášen/a
• Datum přihlášení: 24.10.2007
• Konzultanti: doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Hmotnostně spektrometrická analýza proteinů se v současné době neobejde bez použití enzymatické hydrolýzy, která umožňuje štěpit proteiny na dobře definovaných místech sekvence. Hydrolyzátů (směsi peptidů) se využívá při identifikaci proteinů jak metodou peptidového mapování tak při ?de-novo? určování struktury. Při popisu nové sekvence je většinou nutné použit více enzymů s různou hydrolytickou specifitou. Většina doposud využívaných metod enzymatické hydrolýzy je značně časově náročná (několik hodin). Čas nutný k enzymatickému štěpení proteinu je možné řádově zkrátit (několik desítek minut) použitím štěpení podporovaného mikrovlnným zářením. Mikrovlnná hydrolýza byla doposud studována pouze u nejběžnějších enzymů jako trypsin, chymotrypsin a Glu-C.
Cílem práce bude najít optimální podmínky pro mikrovlnnou hydrolýzu s využitím enzymů Arg-C, Asp-N, nebo Lys-C. Optimalizace bude prováděna na modelových proteinech a metoda bude poté ověřena na reálných vzorcích. Práce bude realizována ve spolupráci s Ústavem organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. (RNDr. Josef Cvačka, Ph.D., Mgr. Miloslav Šanda), který garantuje jeho finanční zabezpečení.