Mutace genu TP53 a jejich význam v patogenezi myelodyspalstických neoplásií (MDS)

• Název práce v češtině: Mutace genu TP53 a jejich význam v patogenezi myelodyspalstických neoplásií (MDS)
• Název v anglickém jazyce: TP53 gene mutations and their significance in the pathogenesis of myelodysplastic neoplasias (MDS)
• Akademický rok vypsání: 2024/2025
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. Zuzana Zemanová, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 29.11.2024
• Datum zadání: 29.11.2024
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.01.2025
• Konzultanti: RNDr. Libuše Lizcová, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Téma DP:
Diplomová práce se zaměří na prospektivní a retrospektivní analýzu mutací genu TP53 u pacientů s myelodysplastickými neoplásiemi (MDS) a posouzení jejich významu z hlediska patogeneze, klinického průběhu a prognózy onemocnění. MDS jsou heterogenní skupina hematologických malignit charakterizovaných neefektivní hematopoezou a rizikem transformace do akutní myeloidní leukémie (AML). TP53 je klíčový tumor-supresorový gen, který hraje zásadní roli v regulaci buněčného cyklu, reparaci poškozené DNA a apoptóze. Mutace v tomto genu jsou spojovány s vysokou genetickou nestabilitou, agresivním průběhem onemocnění a horší odpovědí na léčbu.
Cílem diplomové práce bude stanovit frekvenci bialelických a monoalelických mutací genu TP53 v konsekutivním souboru pacientů s MDS, posoudit jejich vztah ke klinickým a laboratorním parametrům, včetně typu cytogenetických abnormalit, asociace s mutacemi dalších genů, klonálním vývojem a celkovým přežitím nemocncých.
Materiál a metody:
Materiál pro retrospektivní molekulárně cytogenetické analýzy bude zajištěn z archivu vzorků Centra nádorové cytogenomiky. Kromě toho budou prospektivně vyšetřeny vzorky buněk kostní dřeně odebrané v rámci rutinních vyšetření nemocných s MDS. Předpokládáme, že v průběhu dvou let magisterského studia studentka vyšetří alespoň 30 pacientů s MDS a mutací TP53.
K detekci mutací bude využita metoda sekvenování nové generace (NGS) s využitím panelu Archer Myeloid VariantPlex gene panel (Invitae), který umožňuje sekvenční analýzu 75 genů asociovaných s myeloidními malignitami. K analýze karyotypů budou použity cytogenomické metody (konvenční cytogenetická analýza, I-FISH, mFISH/mBAND, aCGH/SNP). Studentka se detailně seznámí se všemi uvedenými metodami, které budou k vyšetření konkrétních pacientů použity v závislosti na aktuálních diagnostických potřebách. Metodicky je však bude provádět vždy pouze v součinnosti a pod dohledem zkušeného pracovníka CNC (jedná se o velmi drahá vyšetření reálných biologických vzorků, které jsou vzácné a nenahraditelné). Samostatně se bude podílet na zpracování, analýze a interpretaci získaných dat.
Očekávané výstupy: Výsledky získané při řešení diplomové práce budou využity jako podklady pro odborné publikace a budou presentovány na odborných konferencích.
Finanční podpora diplomové práce bude zajištěna výzkumnými granty řešenými na pracovišti školitele.