V krysích populacích se vyskytují současně hnědé i černé formy. Černé zbarvené vzniklo u krys paralelně mutacemi nejméně dvou různých genů Mc1r a Asip. Barevný polymorfismus se v krysích populacích udržuje navzdory specifické kolonizační historii, během které lze očekávat časté a výrazné demografické změny, při kterých bychom očekávali převládnutí jen jedné z forem díky náhodným procesům (drift, surfing). Je tedy možné, že za současný výskyt obou forem je zodpovědná selekce udržující polymorfismus (balancing selection). Tomu by také napovídaly pilotní experimenty s krysami v zajetí, které nasvědčují odlišnému chování barevných forem. Rozšíření krysy zasahuje i na území České republiky, kde se vyskytují obě formy a odkud jsou dostupné vzorky pro izolaci DNA z různých lokalit. Cílem diplomové práce bude: 1) Pomocí sekvenování Mc1r (případně dalších kandidátních genů, především Asip)zjistit, jaká mutace a kterého genu je zodpovědná za černé zbarvení krys z České republiky 2) Pokud se jedná o známou mutaci Mc1r, prověřit pomocí fylogeneze alel (případně haplotypových sítí při nedostatku fylogenetického signálu), zda nedošlo k opakované mutaci na stejném místě 3) Pomocí volně dostupných a nově získaných sekvencí kontrolní oblasti mitochondriální DNA a cytochromu b prozkoumat pravděpodobný původ krys a heterogenitu populací 4) Pokud se podaří získat vzorky z jiných míst, zopakovat postup 1-3, tedy ověřit mutace zodpovědné za melanismus a zjistit původ pomocí haplotypů mitochondriální DNA 4) Pokusit se na základě molekulárních dat detekovat selekci na Mc1r. Diplomová práce by tedy odhalila původ melanického zbarvení krys v České republice (a případně i jiných místech) a v ideálním případě i přispěla k objasnění udržování barevného polymorfismu v populacích.
- zadáno a potvrzeno stud. odd.