Analýza Asociovaných Gene Ontology Terms pro Odhad Funkcionality Proteinových Sekvencí a Vizualizace v Webovém Prostředí

• Název práce v češtině: Analýza Asociovaných Gene Ontology Terms pro Odhad Funkcionality Proteinových Sekvencí a Vizualizace v Webovém Prostředí
• Název v anglickém jazyce: Analysis of Gene Ontology Terms for Protein Functionality Estimation from Sequence and Visualization in Web Environment
• Akademický rok vypsání: 2023/2024
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: Magdaléna Turinská - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 04.01.2024
• Datum zadání: 04.01.2024
• Datum potvrzení stud. oddělením: 31.01.2024

Předběžná náplň práce

Tato bakalářská práce se zaměřuje na vývoj programu, který umožní analýzu asociovaných Gene Ontology (GO) terms pro zadané proteiny z Uniprotu a dalších relevantních databází. Cílem je vypíchnout rozdíly a sdílené prvky v funkcionalitách a umístění v buňce mezi různými proteinovými sekvencemi. Navržený program bude součástí webového serveru a bude sloužit k odhadu funkcionality neznámých proteinových sekvencí, zejména z metagenomických sběrů. Cílem práce je navrhnout a implementovat program schopný provádět analýzu asociovaných GO terms pro zadané proteiny a extrapolovat odhad funkce pro neznámé sekvence.
Výsledkem práce bude program s webovým uživatelským rozhraním, do něhož uživatel vloží proteinovou sekvenci. Pomocí BLASTu nebo programu Foldseek budou nalezeny podobné sekvence v databázích s Gene Ontology anotací (primárně Uniprot). Na tuto sadu Gene Ontology terms bude aplikována analýza a zobrazení funkčních vztahů.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

This bachelor thesis focuses on the development of a program that enables the analysis of related Gene Ontology (GO) terms for specified proteins from Uniprot and other relevant databases. The aim is to extract differences and commonalities in function and cell location between different protein sequences. The proposed program will be part of a web server and will be used to estimate the functionality of unknown protein sequences, especially from metagenomic collections. The goal of this work is to design and implement a program that will be able to analyze the associated GO terms for given proteins and extrapolate the function estimation for unknown sequences.
The work will result in a program with a web-based user interface into which the user enters the protein sequence. Using BLAST or Foldseek, similar sequences will be found in Gene Ontology annotation databases (primarily Uniprot). Analysis and display of functional relationships will be applied to this set of Gene Ontology terms.