Degree of protein structure disorder in prokaryotic and eukaryotic organisms

• Název práce v češtině: Stupeň neuspořádanosti struktur proteinů u prokaryot a eukaryot
• Název v anglickém jazyce: Degree of protein structure disorder in prokaryotic and eukaryotic organisms
• Klíčová slova: Vnitřně neuspořádané proteiny, Predikce struktury proteinů, Strukturní biologie, Hluboké učení
• Klíčová slova anglicky: Intrinsically disordered proteins, Protein structure prediction, structural biology, Deep Learning
• Akademický rok vypsání: 2023/2024
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 13.12.2023
• Datum zadání: 13.12.2023
• Datum potvrzení stud. oddělením: 31.01.2024
• Datum odevzdání elektronické podoby: 29.04.2024
• Oponenti: Christos Feidakis, M.Sc.
• Konzultanti: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Literární rešerše
1. modelové organismy
2. experimentální vs. prediktivní metody
3. fyzikálně-chemické vlastnosti aminokyselin umožňující klasifikaci míry uspořádanosti
4. teoretické přístupy-AlphaFold, Rosetta
5.perspektiva využití metod AI a ML k predikci nestrukturovanosti proteinů

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Literature review
1. model organisms
2. experimental vs. predictive methods
3. physico-chemical properties of amino acids enabling classification of degree of order
4. theoretical approaches-AlphaFold, Rosetta
5.perspective of using AI and ML methods to predict the unstructuredness of proteins