Molekulární podstata regulačních mechanismů zapojených do buněčné koordinace a diferenciace v populacích kvasinek

• Název práce v češtině: Molekulární podstata regulačních mechanismů zapojených do buněčné koordinace a diferenciace v populacích kvasinek
• Název v anglickém jazyce: Molecular basis of regulatory mechanisms involved in cellular coordination and differentiation in yeast populations
• Akademický rok vypsání: 2023/2024
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Zdena Palková, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 02.10.2023
• Datum zadání: 03.10.2023
• Konzultanti: RNDr. Libuše Váchová, CSc.

Předběžná náplň práce

Doktorské studium se zaměří na identifikaci molekulárních mechanismů zapojených do buněčné koordinace/kompetice a buněčné diferenciace/dediferenciace prostorově strukturovaných mnohobuněčných populací kvasinek. Cílem bude jednak identifikovat dosud neznámé komponenty zapojené do nedávno identifikovaných regulačních drah specificky aktivovaných v určité buněčné subpopulaci a/nebo stádiu vývoje kolonií (GCN4, WPP a další), důležitost specifických domén identifikovaných regulátorů a/nebo post-translační modifikace regulátorů, regulační role vybraných metabolitů a další. Spektrum metodických přístupů bude zahrnovat konstrukci kmenů (knockout kmeny s delecemi genů pro vybrané komponenty drah, kmeny obsahující proteiny s fluorescenčními značkami atd.), charakterizaci specifických buněčných subpopulací a jejich interakci in situ v rámci kolonií, klonování genů a místně cílenou mutagenezi vybraných regulátorů, identifikaci efektu drah na změnu proteomů (proteomika a další techniky OMICS, např. resekvenování genomové DNA) a další.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The PhD project will focus on the identification of molecular mechanisms involved in cell coordination/competition and cell differentiation/de-differentiation of spatially structured multicellular yeast populations. The goal is to identify previously unknown components involved in recently identified regulatory pathways that are specifically activated in a particular cell subpopulation and/or stage of colony development (GCN4, WPP, and others), the importance of specific domains of identified regulators and/or post-translational modifications of regulators, the regulatory role of selected metabolites, and others. The spectrum of methodological approaches includes strain construction (knockout strains deleted in genes encoding specific components of the pathway, strains containing proteins with fluorescent labels, etc.), characterization of specific cell subpopulations and their interaction in situ within colonies, gene cloning and site-directed mutagenesis of selected regulators, identification of the effects of metabolic pathways on proteome modification (proteomics and other OMICS techniques, e.g., genomic DNA resequencing), and others.