J. Gu; P. Bourne: Structural bioinformatics. Second edition,Wiley-Blackwell, Hoboken (2009).
Předběžná náplň práce
Ab initio předpovědi prostorových (3D) struktur RNA jsou stále ještě otevřenou oblastí strukturní biologie jejíž význam roste s objevy nových regulačních funkcí non-coding RNA (ncRNA). Cílem studia je získat přehled o metodách počítačové předpovědí 3D struktury molekul RNA a tyto metody se pokusit vylepšit přístupy strojového učení. Pro aplikaci metod strojového učení využije student/ka znalostí a unikátního know-how školitele a týmu v Biotechnologickém ústavu AV ČR. Specificky se bude opírat o možnosti přesné a automatické anotace struktur nukleových kyselin a jejich kvality (validace) jak jsou shrnuty a postupně doplňovány na webových stránkách datmos.org, zejména dnatco.datmoc.org. V práci se student/ka pokusí integrovat metody sekvenčních srovnání (sequence alignment) RNA sekvencí se strukturními metodami.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Ab initio prediction of RNA spatial (3D) structures is still an open area of structural biology whose importance is growing with the discovery of new regulatory functions of non-coding RNAs (ncRNAs). The aim of the study is to gain an overview of computer prediction methods for the 3D structure of RNA molecules and to try to improve these methods with machine learning approaches. For the application of machine learning methods, the student will use the knowledge and unique know-how of the supervisor and the team at the Biotechnology Institute of the Academy of Sciences of the Czech Republic. Specifically, it will rely on the possibility of accurate and automatic annotation of nucleic acid structures and their quality (validation), as they are summarized and gradually supplemented on the datmos.org website, especially dnatco.datmoc.org. The student will aim at integrating methods of sequence alignments of RNA into the structural methods.
