Studium chemorezistence u pacientů s kolorektálním karcinomem léčených 5-fluorouracilem

• Název práce v češtině: Studium chemorezistence u pacientů s kolorektálním karcinomem léčených 5-fluorouracilem
• Název v anglickém jazyce: A study of chemoresistance in patients with colorectal cancer treated with 5-fluorouracil
• Klíčová slova: kolorektální karcinom, chemorezistence, 5–fluorouracil, biomarkery
• Klíčová slova anglicky: colorectal cancer, chemoresistance, 5–fluorouracil, biomarkers
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
• Vedoucí / školitel: Ing. Veronika Vymetálková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 17.03.2023
• Datum zadání: 17.03.2023
• Datum potvrzení stud. oddělením: 04.04.2023
• Datum odevzdání elektronické podoby: 26.04.2024
• Datum proběhlé obhajoby: 04.06.2024
• Oponenti: Mgr. Karolína Šeborová, Ph.D.
• Konzultanti: Ing. Anna Šišková, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Anotace:
Volba léčebné strategie u onkologických pacientů závisí na různých klinických a molekulárních faktorech. Ačkoli bylo dříve navrženo několik molekulárních prediktivních biomarkerů, pouze několik z nich se stalo použitelných v rutinní klinické praxi. Vzhledem k tomu, že výsledky léčby u mnoha pacientů s kolorektálním karcinomem (KRK) zůstávají nevyhovující, existuje naléhavá potřeba personalizované medicíny a identifikace těchto biomarkerů.
Jednou z hlavních klinických výzev při léčbě pokročilého stadia KRK je vývoj chemorezistence k systémové chemoterapii. Časná detekce chemorezistence (rezistentní klony rakovinných buněk) by mohla vést ke změně léčebných režimů, ale vyžaduje dlouhodobé sledování pacientů a použití specifických biomarkerů.
Náplní této diplomové práci bude studování markerů spjatých s chemorezistencí na 5-fluorouracil (F-FU), nejčastěji používané chemoterapeutikum v léčbě KRK. V prvním kroku se z rezistentních DLD-1 buněčných linií (rezistence na 5-FU v různých koncentracích) pomocí sekvenování nové generace stanoví celkový transkriptom. Pomocí bioinformatických analýz se vyberou vhodné kandidátní geny k dalšímu studiu na lidských vzorcích. Ty budou zahrnovat tumorovou tkáň a okolní nepostiženou sliznici od pacientů s KRK, u kterých již bude známa odpověď na léčbu s 5-FU.
Metody plánové v DP:
- kultivace a pasážování buněčných linií
- izolace mRNA z buněčných linií
- stanovení koncentrace a kvality izolované mRNA
- příprava knihovny: mRNA fragmentace, syntéze prvního vlákna pomocí reverzní transkriptázy, syntéze druhého vlákna pomocí fosforylovaných primerů, oprava vláken a adice Adeninů, ligace adaptérů a amplifikace knihovny
- bioinformatická analýza dat v programu R
- izolace mRNA z tumoru a okolní tkáně
- reverzní transkripce
- RT-PCR
- Statistické zpracování dat