Modification of nucleic acids by reactive groups for bioconjugations and cross-linking with lysine-containing peptides and proteins

• Název práce v češtině: Modifikace nukleových kyselin reaktivními skupinami pro biokonjugace a cross-linkování s peptidy a proteiny obsahující lysin
• Název v anglickém jazyce: Modification of nucleic acids by reactive groups for bioconjugations and cross-linking with lysine-containing peptides and proteins
• Klíčová slova: DNA, RNA, biokonjugace
• Klíčová slova anglicky: DNA, RNA, bioconjugation
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: rigorózní práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra organické chemie (31-270)
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 08.02.2023
• Datum zadání: 08.02.2023
• Datum potvrzení stud. oddělením: 07.03.2023
• Datum odevzdání elektronické podoby: 08.02.2023
• Datum proběhlé obhajoby: 03.04.2023

Předběžná náplň práce

Budou připravovány RNA a DNA nesoucí reaktivní skupiny ve velkém žlábku polymerasovou inkorporací modifikovaných nukleosid trifosfátů. Dále budou studovány bioorthogonální reakce těchto funkčních skupin v DNA, zejména cross-linkování s proteiny, připojování dalších užitečných funkčních skupin a jejich využití v chemické biologii a diagnostice.


Klíčové citace:
Raindlová, V.; Pohl, R.; Šanda, M.; Hocek, M. "Direct polymerase synthesis of reactive aldehyde-functionalized DNA and its conjugation and staining with hydrazines" Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 1064-1066.
Dadová, J.; Orság, P.; Pohl, R.; Brázdová, M.; Fojta, M.; Hocek, M. "Vinylsulfonamide and acrylamide modification of DNA for cross-linking with proteins" Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 10515-10518.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

RNA and DNA bearing reactive functional groups in major groove will be prepared by polymerase incorporations of modified nucleoside triphosphates. Bioorthogonal reactions of these groups will be studied, e.g. cross-linking with proteins, attachment of other useful functional groups and applications in chemical biology and diagnostics.

Leading references:
Raindlová, V.; Pohl, R.; Šanda, M.; Hocek, M. "Direct polymerase synthesis of reactive aldehyde-functionalized DNA and its conjugation and staining with hydrazines" Angew. Chem. Int. Ed. 2010, 49, 1064-1066.
Dadová, J.; Orság, P.; Pohl, R.; Brázdová, M.; Fojta, M.; Hocek, M. "Vinylsulfonamide and acrylamide modification of DNA for cross-linking with proteins" Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 10515-10518.