Do plant intermediate filaments exist?

• Název práce v češtině: Existují rostlinná intermediální filamenta?
• Název v anglickém jazyce: Do plant intermediate filaments exist?
• Klíčová slova: Intermediální filamenta, nuclear matrix constituent protein (NMCP), jaderná intermediální filamenta (NIF), lamin, homology laminů
• Klíčová slova anglicky: Intermediate filaments, nuclear matrix constituent protein (NMCP), nuclear intermediate filament (NIF), lamin, lamin homologues
• Akademický rok vypsání: 2023/2024
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Fatima Cvrčková, Dr.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 19.01.2024
• Datum zadání: 19.01.2024
• Datum potvrzení stud. oddělením: 31.01.2024
• Datum odevzdání elektronické podoby: 29.04.2025
• Datum proběhlé obhajoby: 02.06.2025
• Oponenti: RNDr. Lenka Libusová, Ph.D.

Seznam odborné literatury

(1) Graumann K. Finding the missing piece of the puzzle: how NMCPs fit into the plant nuclear lamina. J Exp Bot. 2021 Sep 30;72(18):6077-6080. doi: 10.1093/jxb/erab242.
(2) Shymanovich T, Vandenbrink JP, Herranz R, Medina FJ, Kiss JZ. Spaceflight studies identify a gene encoding an intermediate filament involved in tropism pathways. Plant Physiol Biochem. 2022 Jan 15;171:191-200. doi: 10.1016/j.plaphy.2021.12.039.
(3) Utsunomiya H, Fujita M, Naito F, Kaneta T. Cell cycle-dependent dynamics of a plant intermediate filament motif protein with intracellular localization related to microtubules. Protoplasma. 2020 Sep;257(5):1387-1400. doi: 10.1007/s00709-020-01512-1.
(4) Soda N, Gupta BK, Anwar K, Sharan A, Govindjee, Singla-Pareek SL, Pareek A. Rice intermediate filament, OsIF, stabilizes photosynthetic machinery and yield under salinity and heat stress. Sci Rep. 2018 Mar 6;8(1):4072. doi: 10.1038/s41598-018-22131-0. Erratum in: Sci Rep. 2018 May 11;8(1):7621. Erratum in: Sci Rep. 2019 Jul 24;9(1):11015.
(5) Soda N, Sharan A, Gupta BK, Singla-Pareek SL, Pareek A. Evidence for nuclear interaction of a cytoskeleton protein (OsIFL) with metallothionein and its role in salinity stress tolerance. Sci Rep. 2016 Oct 6;6:34762. doi: 10.1038/srep34762.
(6) Viz též např. anotace proteinových sekvencí GenBank Acc. No. POF22112.1, POE82372.1, AG1369807.1, KAG7030997.1, XP_020571099.1, KAB2635032.1 a další.

Předběžná náplň práce

Dle obecného učebnicového povědomí rostliny nemají proteiny homologní podjednotkám houbových a metazoálních intermediálních filament (IF), i když skupinu proteinů NMCP/CRWN/LINC lze snad považovat za analogy živočišných laminů (1). Přesto se v poslední době v literatuře setkáváme s případy proteinů anotovaných jako homology IF (2-6). Cílem práce bude rešerše shrnující současné znalosti o rostliných analozích IF, identifikaci případných dalších rostlinných proteinů anotovaných jako homology IF či podobné IF, a kritické zhodnocení relevance takových anotací. Kromě textové literární rešerše může být součástí práce i využití jednoduchých bioinformatických nástrojů.