Difference in amino acid distribution in sequences of structured and unstructured proteins

• Název práce v češtině: Rozdíl v distribuci aminokyselin v sekvencích strukturovaných a nestrukturovaných proteinů
• Název v anglickém jazyce: Difference in amino acid distribution in sequences of structured and unstructured proteins
• Klíčová slova: neuspořádané proteiny, strukturované proteiny, sekvenční motivy, statistická analýza, DisProt, PDB
• Klíčová slova anglicky: disordered proteins, structured proteins, sequence motifs, statistical analysis, DisProt, PDB
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 13.12.2022
• Datum zadání: 14.12.2022
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.01.2023
• Datum odevzdání elektronické podoby: 03.05.2023
• Datum proběhlé obhajoby: 05.06.2023
• Oponenti: Alma Carolina Sanchez Rocha

Předběžná náplň práce

1) Analyza sekvenci proteinu obsazenych v PDB a DISPROT databazich
2) Vytvoreni 3 representativnich setu sekvenci na urovni 10%, 30% a 70% identity
3) Evaluace distribucni funkce vzdalenosti mezi aminokyselinami a jejich cetnost.
4) Tvorba interaktivni matice 20x20
5) Clustering distribucnich funkci podle - tvaru, mnozstvi maxim, mnozstvi minim
6) Interpretace distribucnich funkci ve strukture - sekundarni strukturni prvky pripadne funkcni motivy