Současné genomické a cytogenomické metody v analýze chromozómových přestaveb
| Název práce v češtině: | Současné genomické a cytogenomické metody v analýze chromozómových přestaveb |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Current genomic and cytogenomic methods in analysis of chromosome rearrangements |
| Klíčová slova: | chromozómová fúze, genetické mapování, evoluční chromozómové zlomy, Hi-C, inverze, konzervovaná syntenie, optické mapování, sekvenování třetí generace, strukturní varianty, Zoo-FISH |
| Klíčová slova anglicky: | chromosome fusion, genetic mapping, evolutionary breakpoints, Hi-C, inversion, conserved synteny, optical mapping, third-generation sequencing, structural variants, Zoo-FISH |
| Akademický rok vypsání: | 2022/2023 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Alexandr Sember, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 10.11.2022 |
| Datum zadání: | 10.11.2022 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 23.01.2023 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 03.08.2023 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 07.09.2023 |
| Oponenti: | RNDr. Terezie Mandáková, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| Evoluční genetika (MB162P25) LS Pokroky v molekulární cytogenetice (MB140P10) ZS Methods in Genomics (MB151P129) LS Practical Course of Evolutionary Genetics and Genomics (MB162C05) ZS |
| Seznam odborné literatury |
| Damas J, et al. 2021. Annu Rev Anim Biosci. 9: 9.1–9.27 Wellenreuther M, Bernatchez L. 2018. Trends Ecol Evol. 33: 427–440. Berthelot C, et al. 2015. Cell Rep. 10: 1913–1924. |
| Předběžná náplň práce |
| Chromozómové přestavby hrají důležitou roli v architektuře a funkci genomu, reprodukční izolaci a diverzifikaci. Mohou být také původcem vrozených genetických vad nebo rakovinného bujení. Práce bude mít za cíl shrnout a charakterizovat současné metodologické přístupy v oblasti genomiky a cytogenomiky (včetně asociovaných bioinformatických nástrojů), které nám pomáhají mapovat mezidruhovou míru konzervované syntenie a identifikovat strukturní varianty, evoluční chromozomové zlomy a jejich genetický obsah. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Chromosome rearrangements have significant impact on genome architecture and function, reproductive isolation and diversification. They can also be the cause of congenital genetic disorders or tumorigenesis. The thesis will aim to summarize and characterize current methodological approaches in the field of genomics and cytogenomics (including associated bioinformatics tools), which help us map the level of conserved synteny between species, and identify structural variants, evolutionary chromosome breakpoints and their genetic content. |