Introducing of an experimental approach to study mitotic translation in human cell lines.

• Název práce v češtině: Zavedení experimentálního přístupu pro studium mitotické translace v lidských buněčných liniích.
• Název v anglickém jazyce: Introducing of an experimental approach to study mitotic translation in human cell lines.
• Klíčová slova: Translace, regulace translace; buněčný cyklus; mitóza; polysomové profilování; ribosomové profilování; stabilní lidské buněčné linie
• Klíčová slova anglicky: Translation; translation control; cell cycle; mitosis; polysome profiling; ribosome profiling; human stable cell lines
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Tomáš Mašek, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 29.10.2022
• Datum zadání: 31.10.2022
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.01.2023
• Datum odevzdání elektronické podoby: 08.08.2024
• Datum proběhlé obhajoby: 12.09.2024
• Oponenti: Ing. Tomáš Vomastek, Ph.D.
• Konzultanti: Khushboo Sharma, M.Sc.

Předběžná náplň práce

Práce je zaměřena na stanovení translační účinnosti mRNA vybraných z publikovaných dat ribozomového profilování z G2, M a G1 fáze buněčného cyklu. U těchto mRNA budou publikovaná data ověřena nezávislou metodou polysomového profilování na lidských buněčných liniích RPE-1 a NcNc. Dále bude stanovena míra asociace s polyzómy ve všech fázích buněčného cyklu na buňkách získaných pomocí průtokové cytometrie a zpracovaných pomocí SSP-profilování. U mRNA s potvrzenou regulací translace v závislosti na fázi buněčného cyklu proběhne klonování nepřekládaných oblastí transkriptů do translačního reportéru s cílem identifikovat regulační elementy. Ovšem, tato část navrhované práce tvoří již určitou nadstavbu k základnímu cíli.