Studium nových zástupců hemových senzorových proteinů s důrazem na pochopení strukturně-funkčních mechanismů jejich působení

• Název práce v češtině: Studium nových zástupců hemových senzorových proteinů s důrazem na pochopení strukturně-funkčních mechanismů jejich působení
• Název v anglickém jazyce: Study of new representatives of heme sensor proteins focusing on the structure-function relationship and mechanism of their action
• Klíčová slova: hem, hemové senzorové proteiny, přenos signálu, transkripční faktory
• Klíčová slova anglicky: heme, heme sensore proteins, signal transduction, transciption factors
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 11.10.2022
• Datum zadání: 11.10.2022

Zásady pro vypracování

MC250P11 Hemoproteiny a metaloproteiny

Předběžná náplň práce

Cílem disertační práce bude přinést nové poznatky přispívající k objasnění strukturně funkčních vztahů v případně několika nedávno objevených hemových senzorových proteinů. Velká pozornost bude mimo jiné věnována transkripčnímu faktoru p53, který se nově řadí mezí hemové senzorové proteiny. Tento protein bude studován jednak v jeho nezkrácené (plno-délkové) formě a tyto závěry pak budou porovnány s výsledky studií jeho jednotlivých domén. Zvláště se zaměříme na DNA vazebnou doménu proteinu p53. Předmětem disertační práce bude vysvětlení mechanismu detekce hemu proteinem p53 a pochopení vlivu hemu na transkripční vlastnosti p53. Pro tyto účely budou použity například metody různých spektroskopických technik (elektronová paramagnetická rezonance, rezonanční Ramanova spektroskopie, nukleární magnetická rezonance apod.), aplikace nejmodernějších přístupů hmotnostní spektrometrie (vodík-deuteriová výměna spojená s hmotnostní spektrometrií), a dále pak metody molekulární biologie (polymerázová řetězová reakce), enzymologie a podobně.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The aim of the dissertation will be to bring new knowledge contributing to the clarification of structural-functional relationships in several recently discovered heme sensor proteins. The attention will be paid, among other proteins, to the transcription factor p53, which is newly classified as a heme sensor protein. This protein will be studied in its unabridged (full-length) form, and these conclusions will then be compared with the results of studies of its individual domains. In particular, we will focus on the DNA binding domain of the p53 protein. The subject of the dissertation will be the explanation of the mechanism of heme detection by the p53 protein and the understanding of the effect of heme on the transcriptional properties of p53. For the purposes, for example, the methods of various of these spectroscopic techniques (electron paramagnetic resonance, resonance Raman spectroscopy, nuclear magnetic resonance, etc.), the application of the most modern mass spectrometry approaches (hydrogen-deuterium exchange coupled to mass spectrometry), and then molecular biology methods (polymerase chain reaction ), enzymology and the like.