Doktorský projekt Matyáše Soviše bude spočívat především ve (1) světelně mikroskopickém studiu dotyčných protist sloužícímu k charakterizaci jejich morfologie, čemuž se naučil během studia nálevníků ze střev švábů, (2) získávání sekvenčních dat z těchto protist, upřesnění jejich pozice na stromu života, zjištění četnosti přechodů k symbiotickému způsobu života v příslušných liniích a případném popisu nově nalezených druhů, (3) průzkumu hostitelské specifity protist a jejich methanogenních symbiontů, jenž například u termitů a jejich střevních bičíkovců ukázal, že spolu tyto organismy koevolvují, což by chtěl M. Soviš ověřit, případně vyvrátit, i u jím zkoumaných organismů, aby odhalil, jestli je to u střevních symbiontů obecnější trend a (4) v charakterizaci metabolismu jednotlivých částí potravní kaskády v hostiteli.
