Dvousložkový signalizační systém bakterií využívající hemové senzorové proteiny

• Název práce v češtině: Dvousložkový signalizační systém bakterií využívající hemové senzorové proteiny
• Název v anglickém jazyce: The two-component signal transduction system in bacteria utilizing heme sensor proteins
• Klíčová slova: dvousložkové signální systémy, histidinkinasa, RR protein, Phos-tag, nízkomolekulární donory fosfátu, AfGcHK
• Klíčová slova anglicky: two component signal systems, histidine kinase, RR protein, Phos-tag, low molecular phosphodonors, AfGcHK
• Akademický rok vypsání: 2021/2022
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 09.11.2021
• Datum zadání: 10.11.2021
• Datum potvrzení stud. oddělením: 10.11.2021

Zásady pro vypracování

Doporučené povinně-volitelné předměty
MC250P69N Organická chemie léčiv
MC250P71 Návrh a vývoj léčiv
MC250P11 Hemoproteiny a metaloproteiny
MC250P45 Molekulární techniky

Doporučené volitelné předměty
MC250P21 Moderní metody výzkumu proteinů
MC250P30 Bioinformatika

Seznam odborné literatury

Shimizu T., Huang D., Yan F., Stranava M., Bartosova M., Fojtíková V., Martínková M.: Gaseous O2, NO, and CO in Signal Transduction: Structure and Function Relationships of Heme-Based Gas Sensors and Heme-Redox Sensors, Chem. Rev. 2015, 115, 6491−6533.
Martinkova M., Kitanishi K., and Shimizu T.: Heme-Based Globin-Coupled Oxygen Sensors: Linking Oxygen Binding to Functional Regulation of Diguanylate Cyclase, Histidine Kinase and Methyl-accepting Chemotaxis, J. Biol. Chem, 2013, 288, 27702–27711.

Předběžná náplň práce

Součástí diplomové práce bude vyhledání dosavadních poznatků o hemoproteinech, v nichž hem slouží jako senzorové místo pro detekci kyslíku (hemové senzorové proteiny, které detekují kyslík) v odborné literatuře. Heterologní expresí budou navíc připraveny modelové senzorové proteiny z této skupiny hemoprotienů. Pozornost bude zaměřena hlavně na prokaryontní enzym tzv. histidinkinasa s globinovou strukturou senzorové domény (z angl. globine coupled histidine kinase, AfGcHK). Bude studována interakce tohoto proteinu s proteinem RR. Dále budou testovány nízkomolekulární donory fosfátu ve schopnosti přenést fosfoskupinu na protein RR. Dále budou studovány vlastnosti tohoto modelového dvousložkového systému.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Part of the diploma thesis will be the search for existing knowledge about hemoproteins in which heme serves as a sensor site for oxygen detection (heme-containing oxygen sensors) in the literature. In addition, model sensor proteins will be prepared by heterologous expression. Attention will be focused mainly on the prokaryotic enzyme called the globine coupled histidine kinase, AfGcHK. The interaction of this protein with the RR protein will be studied. In addition, low molecular weight phosphate donors will be tested for their ability to transfer a phospho group to the RR protein. Furthermore, the properties of this model two-component system will be studied.