Molekulové simulace vlivu intenzivního subTHz elektrického pole na proteiny

• Název práce v češtině: Molekulové simulace vlivu intenzivního subTHz elektrického pole na proteiny
• Název v anglickém jazyce: Molecular simulations of the effect of intense subTHz electric field on proteins
• Klíčová slova: molekulové simulace|proteiny|elektrické pole
• Klíčová slova anglicky: molecular simulations|proteins|electric field
• Akademický rok vypsání: 2021/2022
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra chemické fyziky a optiky (32-KCHFO)
• Vedoucí / školitel: doc. Ing. Pavel Soldán, Dr.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 19.10.2021
• Datum zadání: 31.10.2021
• Datum potvrzení stud. oddělením: 12.01.2024
• Konzultanti: Ing. Michal Cifra, Ph.D.

Zásady pro vypracování

1. Briefly review current works on electric field effects on proteins with a focus on all atom molecular dynamics simulations and oscillating (1 – 1000 GHz) electric field
2. Implement and test electric field in the classical molecular dynamics simulations software
3. Analyze effects of electric field on the structure and dynamics of a benchmark protein and on selected cytoskeletal protein
4. Explore field strength and frequency dependence of the electric field effects on proteins

Seznam odborné literatury

1. Shaik, Sason, and Thijs Stuyver. Effects of Electric Fields on Structure and Reactivity. Royal Society of Chemistry, 2021. https://doi.org/10.1039/9781839163043.
2. English, Niall J., and Conor J. Waldron. “Perspectives on External Electric Fields in Molecular Simulation: Progress, Prospects and Challenges.” Phys. Chem. Chem. Phys. 17, no. 19 (2015): 12407–40. https://doi.org/10.1039/C5CP00629E.
3. Hekstra, Doeke R., K. Ian White, Michael A. Socolich, Robert W. Henning, Vukica Šrajer, and Rama Ranganathan. “Electric-Field-Stimulated Protein Mechanics.” Nature 540, no. 7633 (December 7, 2016): 400–405. https://doi.org/10.1038/nature20571