Vývoj a optimalizace nízkomolekulárních proteinových ligandů jako nástrojů v molekulární biologii
| Název práce v češtině: | Vývoj a optimalizace nízkomolekulárních proteinových ligandů jako nástrojů v molekulární biologii |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Development and optimization of low molecular weight protein ligands as tools in molecular biology |
| Klíčová slova: | Testování s vysokou propustností; peptidová syntéza; molekulární rozpoznávání; vývoj metod |
| Klíčová slova anglicky: | High-throughput screening; peptide synthesis; molecular recognition; method development |
| Akademický rok vypsání: | 2021/2022 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260) |
| Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 05.10.2021 |
| Datum zadání: | 05.10.2021 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 05.10.2021 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 24.04.2025 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 24.06.2025 |
| Oponenti: | Ing. Ondřej Baszczyňski, Ph.D. |
| prof. Andrea Brancale | |
| Předběžná náplň práce |
| Peptidy tvoří synteticky dostupné a snadno derivatizovatelné lešení, na jehož základě je možno vyvíjet ligandy zaměřené na široké spektrum biologických cílů. Tradiční postup k identifikaci těchto výchozích peptidů je příprava a testování kombinatoriálních knihoven.
Za pomoci vyvinutých postupů kombinatoriální syntézy a in vitro evoluce budou hledány nízkomolekulární ligandy bioaktivních proteinů. Důraz bude kladen na imunologicky relevantní cíle (př. ligandy Fc-fragmentu protilátek) a endogenní (př. glutamát karboxypeptidasa II) a pathogenní proteasy (př. C. neoformans major aspartic protease I, M. tuberculosis serine hydrolase I). Během hledání bude srovnáván bude bottom-up evoluční přístup za pomoci automatizovaného mRNA display s top-down optimalizací a návrhem ligandů na základě struktury za pomocí paralelního peptidového syntetizátoru SPENSER. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| Peptides are a synthetically available and easily derivatizable scaffold, which can be used to develop ligands aimed at a wide range of biological targets. The traditional procedure for identifying these starting peptides is to prepare and test combinatorial libraries.
Low molecular weight ligands of bioactive proteins will be sought with the help of developed methods of combinatorial synthesis and in vitro evolution. Emphasis will be placed on immunologically relevant targets (eg. Fc-antibody fragment ligands) and endogenous (eg. glutamate carboxypeptidase II) and pathogenic proteases (eg. C. neoformans major aspartic protease I, M. tuberculosis serine hydrolase I). The search will compare the bottom-up evolutionary approach using automated mRNA display with top-down optimization and structure-based ligand design using the SPENSER parallel peptide synthesizer. |