Genome size evolution and biogeography of Curcuma (Zingiberaceae)
| Název práce v češtině: | Evoluce velikosti genomu a biogeografie rodu Curcuma (zázvorovité) |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Genome size evolution and biogeography of Curcuma (Zingiberaceae) |
| Klíčová slova: | repetitivní elementy, NGS, molekulární datování |
| Klíčová slova anglicky: | repetitive elements, NGS, molecular dating |
| Akademický rok vypsání: | 2020/2021 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra botaniky (31-120) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Tomáš Fér, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 11.03.2021 |
| Datum zadání: | 11.03.2021 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 11.03.2021 |
| Konzultanti: | Mgr. Eliška Záveská, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| MB162P13 R for life MB120C117 Target enrichment for plant systematics - methodological workshop MB120P44 Use of molecular markers in plant systematics and population biol. MB120P83 Methods of phylogenetics MB120P177 Transposable elements: from junk DNA toad to Prince Major Driver of biodiversity |
| Seznam odborné literatury |
| Leong-Škorničková J. et al. (2007): Chromosome Numbers and Genome Size Variation in Indian Species of Curcuma (Zingiberaceae). Annals of Botany 100: 505–526. Novák P. et al. (2014): Genome-Wide Analysis of Repeat Diversity across the Family Musaceae. PLoS ONE 9(6): e98918. Trávníček et al. (2019): Diversity in genome size and GC content shows adaptive potential in orchids and is closely linked to partial endoreplication, plant life-history traits and climatic conditions. New Phytologist 224: 1642–1656. |
| Předběžná náplň práce |
| V rámci práce se bude studovat evoluce velikosti genomu, evoluční dynamika repetitivních elementů (RE)a biogeografie tropického rodu Curcuma (zázvorovité). Práce se bude skládat ze tří částí: (1) evoluce velikosti genomu v celém rodu Curcuma, (2) evoluční dynamika repetitivních elementů v celém rodu, (3) biogeografická analýza vybraných (diploidních) druhů. Metody zahrnuté v práci: průtoková cytometrie, NGS sekvenování, analýza a kvantifikace RE pomocí RepeatExploreru, fzlogenetické komparativní metody, molekulární datování. |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| The dissertation thesis will study genome size (GS) evolution, evolutionary dynamics of repetitive elements (RE) and biogeography of the tropical genus Curcuma (Zingiberaceae). The thesis consists of three parts: (1) genome size evolution in the whole genus Curcuma, (2) evolutionary dynamics of repetitive elements in the whole genus, (3) biogeographical analysis of selected (diploid) species. Methods included are: flow cytometry, NGS sequencing, analysis and quantification of RE using RepeatExplorer, phylogenetic comparative methods, molecular dating. |