Role AGO-hook domény histonového chaperonu SPT6L v regulaci genové exprese

• Název práce v češtině: Role AGO-hook domény histonového chaperonu SPT6L v regulaci genové exprese
• Název v anglickém jazyce: The role of the AGO-hook domain of histone chaperone SPT6L in regulation of gene expression
• Klíčová slova: SPT6L, AGO-hook, transkripce, chromatin, Arabidopsis thaliana
• Klíčová slova anglicky: SPT6L, AGO-hook, transcription, chromatin, Arabidopsis thaliana
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Vojtěch Čermák, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 01.12.2020
• Datum zadání: 01.12.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 25.04.2022
• Datum proběhlé obhajoby: 27.05.2022
• Oponenti: RNDr. Martin Převorovský, Ph.D.
• Konzultanti: RNDr. Lukáš Fischer, Ph.D.

Předběžná náplň práce

AGO-hook domény přítomné na některých proteinech eukaryotických organismů slouží k vazbě proteinů z rodiny Argonaut (AGO). Proteiny AGO jsou schopné na různých úrovních regulovat expresi genů komplementárních s jimi nesenou malou RNA (sRNA). Jedním z rostlinných proteinů obsahujících předpokládaný AGO-hook je i SPT6L, transkripční elongační faktor a histonový chaperon z komplexu RNA polymerázy II. Vzhledem k funkcím tohoto proteinu předpokládáme, že se jeho AGO-hook doména podílí na regulaci genové exprese prostřednictvím malých RNA, ale doposud nepopsaným způsobem.
V rámci této práce je v plánu sledovat, jak AGO-hook SPT6L ovlivňuje interakční partnery proteinu SPT6L u A. thaliana. K tomu budou využity již připravené mutantní rostliny nesoucí SPT6L bez AGO-hook, které vykazují mírné vývojové změny. Cílem bude jednak identifikovat interakční partnery pomocí ko-imunoprecipitace a pak ověřování předpokládaných genových interakcí křížením s vybranými mutanty a analýzou fenotypu.