Vliv enzymu ADAR1 na životní cyklus viru hepatitidy typu C

• Název práce v češtině: Vliv enzymu ADAR1 na životní cyklus viru hepatitidy typu C
• Název v anglickém jazyce: Effect of ADAR1 enzyme on hepatitis C virus life cycle
• Klíčová slova: HCV, virus hepatitidy typu C, ADAR, replikace, deamináza adenosinu, editace RNA
• Klíčová slova anglicky: HCV, hepatitis C virus, ADAR, Adenosine deaminases, RNA editing, replication
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 16.11.2020
• Datum zadání: 19.11.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.08.2022
• Datum proběhlé obhajoby: 07.09.2022
• Oponenti: Mgr. Martin Fraiberk, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Náplní této diplomové práce bude zavedení a prvotní validace systému umožňujícího testování vlivu enzymu ADAR1 (deamináza adenosinu pracující na molekule RNA) na životní cyklus viru hepatitidy typu C (HCV) in vivo. V současné době máme v laboratoři připravené o ověřené buněčné linie s delecí enzymu ADAR1. Tyto buněčné linie vytvořené v linii HuH7.5.1, která je permisivní pro HCV, budou infikovány partikulemi HCV a vznikající částice HCV budou testovány jednak na svoji infektivitu, jednak bude zjišťován stupeň deaminace adenosinu v molekulách mRNA sekvenací. Součástí řešení této diplomové práce bude příprava mRNA viru hepatitidy typu C pomocí transkripce z templátových plasmidů, které máme k dispozici, transfekce této mRNA do vhodné buněčné linie, příprava a purifikace infekčních partikulí HCV, infekce buněčné linie s odstraněným genem kódujícím ADAR1 a následná analýza vznikajících partikulí / sekvencí.