The study of the context of protein domains in multidomain proteins

• Název práce v češtině: Studium kontextu proteinovych domen v multidomenovych proteinech.
• Název v anglickém jazyce: The study of the context of protein domains in multidomain proteins
• Klíčová slova: proteinové domény, multidoménové proteiny, mimodoménové úseky, Pfam, proteinová architektura, molekulová dynamika
• Klíčová slova anglicky: protein domains, multidomain proteins, non-domain regions, Pfam, protein architecture, molecular dynamics
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Jiří Vondrášek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 15.11.2020
• Datum zadání: 01.02.2021

Předběžná náplň práce

Cílem diplomové práce bude v první řadě vytvořit databázi doménových kontextů na základě aktuálních dat získatelných z databazi Pfam a UniProt. Takto se pro každou doménu zmapuje její preferovaná pozice v rámci proteinového řetězce a její preferovaní sousedi. Zároveň budou zanalyzovány sekvence a fyzikálně-chemické vlastnosti linkerů mezi doménami. V případě nalezení zajímavých a statisticky významných krajních případů bude nakonec u těchto domén či linkerů prostudována změna jejich dynamického charakteru v závislosti na kontextu pomoci molekulove dynamiky.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

First of all, a database of domain contexts will be created from the data available in the Pfam and Uniprot databases. For each domain, information will be mapped about its preferred position within protein sequences and its preferred neighbors. Concurrently, sequences and physicochemical attributes of the linkers between the domains will be analyzed. Finally, upon discovering interesting or statistically significant corner cases, the change of the context-dependent dynamic characteristics will be studied for these domains or linkers by methods of molecular dynamics.