Utilization of pulse labelling techniques for studying the dynamics of proteins and protein complexes

• Název práce v češtině: Použití pulsního značení pro studium dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
• Název v anglickém jazyce: Utilization of pulse labelling techniques for studying the dynamics of proteins and protein complexes
• Klíčová slova: Vodík-deuteriová výměna, rychlá foto-chemická oxidace bílkovin, hmotnostní spektrometrie, strutura bílkovin, komplexy bílkovin
• Klíčová slova anglicky: Hydrogen-deuterium exchange, fast photo-chemical oxidation of proteins, mass spectrometry, protein structure, prottein complexes
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Petr Novák, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 08.10.2020
• Datum zadání: 08.10.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 15.03.2024
• Datum proběhlé obhajoby: 22.05.2024
• Oponenti: prof. RNDr. Tomáš Obšil, Ph.D.
• Konzultanti: RNDr. Petr Man, Ph.D.
• Ocenění: Práce byla navržena na ocenění

Předběžná náplň práce

V rámci disertační práce bude studována dynamika vybraných proteinů a proteinových komplexů v roztoku. K tomu budou využity techniky hmotnostní spektrometrie jako je chemická modifikace, oxidativní značení nebo vodík/deuteriová výměna. Zaměříme se zejména na použití pulsních technik pro validaci prostorové struktury protilátek, jejich komplexů s antigeny a sledování interakčního rozhraní transkripčních faktorů s dvou vlákennou DNA.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The dissertation will study the dynamics of selected proteins and protein complexes in solution. Mass spectrometry techniques such as chemical modification, oxidative labelling or hydrogen / deuterium exchange will be used for this. We will focus mainly on the use of pulse techniques for the validation of the spatial structure of antibodies, their complexes with antigens and the monitoring of the interaction interface of transcription factors with double-stranded DNA.